Theo đó, giai đoạn tháng 3/2012 đến 12/2016, ACV đã đầu tư xây dựng 85 dự án. ACV đã để xảy ra nhiều tồn tại khi khảo sát, lập, thẩm định và phê duyệt một số dự án nên trong quá trình thực hiện phải điều chỉnh, thay đổi so với hồ sơ thiết kế cơ sở, bổ sung một số hạng mục dự án, điều chỉnh tổng mức đầu tư, điều chỉnh thời gian thực hiện như Dự án đường vào Cảng hàng không quốc tế Phú Quốc, Dự án mở rộng Nhà ga quốc tế T2 - Cảng hàng không Tân Sơn Nhất. Một số dự án ACV phê duyệt đầu tư khi chưa có đầy đủ hồ sơ pháp lý như Dự án mở rộng Nhà ga Phú Quốc, Dự án Nhà ga hành khách Cảng hàng không Vinh.
Ngoài ra, ACV sử dụng hình thức liên kết đầu tư, khai thác Nhà ga quốc tế Sân bay Đà Nẵng và Cam Ranh (Khánh Hoà) chưa đúng quy định; đây là 2 trong 4 sân bay có lợi nhuận cho ACV, nhưng đơn vị lại đem liên kết đầu tư làm ảnh hưởng tới cân đối tài chính, bù lỗ các sân bay khác.
Thanh tra cũng chỉ ra không ít sai sót trong quá trình chuẩn bị đầu tư, giám sát thực hiện, nghiệm thu dự án đầu tư tại Sân bay Cam Ranh, Sân bay Đà Nẵng, Nhà để xe Sân bay Tân Sơn Nhất.
Theo kết luận của Bộ GTVT, ACV là doanh nghiệp cổ phần, vốn nhà nước chiếm 95,4% vốn điều lệ, vốn đầu tư của ACV chủ yếu là vốn nhà nước. Vì vậy, với các dự án ACV vừa là cấp quyết định đầu tư, chủ đầu tư thực hiện dự án, vừa là đơn vị tiếp nhận dự án trong giai đoạn khai thác có thể dẫn đến thiếu khách quan trong quản lý đầu tư xây dựng công trình.