Trước đó, năm 2013, cơ quan điều tra nhận được đơn thư tố cáo của ông Nguyễn Văn Thạch – Giám đốc Công ty TNHH Thương mại và Xây lắp điện Hà Nội tố cáo Dũng chiếm đoạt số tiền 15 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra xác minh làm rõ, Công ty TNHH Thương mại và Xây lắp điện Hà Nội có 3 thành viên góp vốn. Ông Nguyễn Văn Thạch góp 50% giữ chức Chủ tịch HĐTV kiêm Giám đốc.
Năm 2008, ông Thạch thành lập Công ty TNHH MTV Chế tạo thiết bị điện Hà Nội, thuê Dũng làm Giám đốc. Công ty mở tài khoản tại Ngân hàng Sacombank giao cho Dũng làm chủ tài khoản. Bà Cao Thị Thu Hương – Phó giám đốc Công ty giám sát giao dịch với danh nghĩa kế toán trưởng. Phan Anh Dũng được toàn quyền điều hành hoạt động công ty.
Năm 2009, Dũng đã mở tài khoản tại Ngân hàng An Bình – chi nhánh Bắc Ninh và chỉ đăng ký chữ ký của mình để giao dịch với khách hàng.
Cơ quan điều tra xác định, từ tháng 1/2009-2012, có 17 công ty chuyển tiền mua hàng vào tài khoản số tiền 43,5 tỷ đồng. Dũng đã ký séc và trực tiếp 45 lần rút số tiền 11,3 tỷ đồng. Trong đó, năm 2009, Dũng rút 15 lần số tiền 3,7 tỷ đồng; năm 2010 rút 30 lần số tiền 7,8 tỷ đồng; năm 2011 rút 10 lần 2,1 tỷ đồng; năm 2012 rút 5 lần số tiền 1,3 tỷ đồng.
Quá trình rút tiền, Dũng không nhập ngay vào sổ quỹ mà chia ra làm nhiều lần hoặc gộp nhiều lần để nộp. Việc nhập quỹ được ghi chép vào sổ, có lần bị cáo ký, có lần không. Toàn bộ số tiền rút bị cáo khẳng định đã nộp đủ vào quỹ công ty.
Nhưng khi rà soát lại thì tổng số tiền bị cáo nhập chỉ có 10,8 tỷ đồng. Cơ quan điều tra xác định bị cáo chiếm đoạt số tiền hơn 578 triệu đồng.
Ngoài ra, Dũng trực tiếp ký séc và nhờ 10 người đứng tên rút 8,6 tỷ đồng. Số tiền này không được nhập vào quỹ. Cơ quan điều tra chưa có căn cứ xác định Dũng chiếm đoạt số tiền này nên không xử lý hình sự, giành quyền cho ông Thạch khởi kiện dân sự.
Bị cáo khai nhận, việc mở tài khoản, ký séc rút tiền là do ông Thạch chỉ đạo.
Ông Nguyễn Văn Thạch cho biết, Công ty TNHH MTV Chế tạo thiết bị điện Hà Nội hoạt động độc lập, việc Dũng mở tài khoản thứ hai, năm 2011 ông mới phát hiện. Do công nợ Công ty cao, tiền không nhập về quỹ nên ông yêu cầu Dũng cung cấp sổ phụ tài khoản mở tại ngân hàng.
“Dũng đã nộp lại một khoản tiền và xin xử lý nội bộ nhưng sau đó lại ra ngoài mở công ty mới nên chúng tôi buộc phải nhờ pháp luật xử lý. Vụ án kéo dài nhiều năm nay, tất cả cán bộ công nhân viên rất khổ sở”, ông Thạch nói thêm.