Theo kế hoạch, Thanh tra Bộ GTVT sẽ thanh tra 7 lĩnh vực hoạt động tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, bao gồm: công tác quản trị, quản lý doanh nghiệp, tổ chức cán bộ, lao động tiền lương; quản lý vốn, tài sản, công tác kiểm soát nội bộ; quản lý và sử dụng các nguồn vốn sự nghiệp kinh tế đường sắt, vốn đầu tư xây dựng; quản lý, khai thác hạ tầng kỹ thuật đường sắt; hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật; việc thực hiện kiến nghị, kết luận của cơ quan thanh tra và Kiểm toán Nhà nước; việc thực hiện các quyền và nghĩa vụ khác theo Điều lệ.
Thời kỳ thanh tra: về tài chính là năm 2013 và số liệu trước, sau năm 2013 có liên quan; đối với đầu tư xây dựng là các dự án chưa quyết toán; các nội dung khác đến ngày 30/5/2014.
