Theo cáo trạng, năm 1996, Báo Đại Đoàn Kết có công văn gửi UBND TP. Đà Nẵng đề nghị được cấp (hoặc thuê) một căn nhà tại địa điểm thuận lợi ở trung tâm Thành phố để làm trụ sở văn phòng đại diện; giao cho ông Trương Duy Nhất liên hệ với chính quyền địa phương.
Lúc này, UBND TP. Đà Nẵng có chủ trương sắp xếp, xử lý nhà, đất công sản trên địa bàn Thành phố, trong đó có áp dụng chính sách bán nhà ở thuộc sở hữu nhà nước cho người đang thuê theo Nghị định 61 của Chính phủ được điều chỉnh hệ số sinh lợi và áp dụng giá ưu đãi.
Năm 2004, UBND TP. Đà Nẵng có quyết định đồng ý bán nhà đất số 82 Trần Quốc Toản với giá ưu đãi là hơn 674 triệu đồng cho Báo Đại Đoàn Kết.
Sẵn mối quan hệ với Phan Văn Anh Vũ, ông Nhất đã ký hợp đồng nguyên tắc với Công ty Xây dựng 79 của Vũ, để công ty này thay thế nộp tiền, sau đó báo cáo lãnh đạo Ban biên tập Báo Đại Đoàn Kết.
Cáo trạng cho rằng, hành vi xin mua, sau đó ký bán, chuyển nhượng nhà, đất công sản số 82 Trần Quốc Toản của Trương Duy Nhất giúp cho Công ty Xây dựng 79 mua được nhà, đất công sản không đúng đối tượng.
Trong đó, Văn phòng đại diện của Báo Đại Đoàn Kết có trụ sở làm việc nên Trương Duy Nhất đã có hành vi làm trái công vụ, gây thiệt hại tài sản Nhà nước hơn 13 tỷ đồng.
Đối với việc giải quyết bán nhà, đất và việc hỗ trợ thu hồi nhà đất số 82 Trần Quốc Toản không đúng quy định của UBND TP. Đà Nẵng, cơ quan điều tra tách để xử lý trong vụ án Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí và Vi phạm các quy định về quản lý đất đai xảy ra tại Đà Nẵng.