Theo quy định của Bộ luật Dân sự, phạt vi phạm do các bên tự thỏa thuận và được thể hiện ngay trong điều khoản hợp đồng. Tuy nhiên, mỗi loại hợp đồng khác nhau thì chế định về mức xử phạt cũng không giống nhau. Tòa án cũng phải căn cứ về các điều khoản trong hợp đồng để có thể chấp nhận yêu cầu tính lãi phạt.
Vụ việc tranh chấp mới đây giữa Công ty TNHH Anh Trí (viết tắt là Công ty Anh Trí) và CTCP Đầu tư xây dựng Vạn Xuân (viết tắt là Công ty Vạn Xuân) là ví dụ điển hình khi cơ quan tố tụng chỉ chấp nhận yêu cầu phạt vi phạm của một bên đương sự.
Theo đơn khởi kiện của Công ty Vạn Xuân, năm 2004, Ủy ban Nhân dân tỉnh Bắc Ninh đã có quyết định phê duyệt cho Công ty TNHH Anh Trí là chủ đầu tư dự án Vùng sản xuất - kinh doanh chế biến cây ăn quả tại xã Phật Tích, huyện Tiên Du, tỉnh Bắc Ninh. Ủy ban Nhân dân tỉnh Bắc Ninh cũng phê duyệt phương án bồi thường đất và quyết định về việc thu hồi đất, giao cho Công ty Anh Trí có quyền thuê diện tích hơn 160.000 m2 đất, diện tích làm đường đi 102.450 m2. Năm 2008, Sở Tài nguyên Môi trường tỉnh Bắc Ninh có quyết định bàn giao đất cho Công ty Anh Trí thực hiện dự án.
Công ty Anh Trí cũng là chủ sở hữu Công ty TNHH Một thành viên Anh Trí Phật Tích. Đến năm 2015, Công ty Anh Trí đã ký hợp đồng kinh tế chuyển nhượng phần vốn góp tại Công ty Anh Trí Phật Tích và dự án trên cho Công ty Vạn Xuân. Giá trị hợp đồng là 98 tỷ đồng.
Trong hợp đồng, các bên giao kèo điều khoản thanh toán cũng như nghĩa vụ, trách nhiệm và quyền lợi cũng như phạt vi phạm hợp đồng. Theo thỏa thuận, ngay sau khi ký kết, Công ty Vạn Xuân phải tạm ứng số tiền 86 tỷ đồng để giải phóng mặt bằng. Công ty Anh Trí bàn giao hồ sơ dự án và chuyển đổi phần vốn góp. Công ty Anh Trí phải hỗ trợ bên B xin được quyết định mở rộng chuyển đổi đầu tư dự án.
Trong quá trình thực hiện, hai bên cũng ký kết thêm các phụ lục hợp đồng về điều khoản thanh toán. Công ty Vạn Xuân đã chuyển tổng cộng số tiền 58 tỷ đồng để thực hiện hợp đồng. Tuy nhiên, do vụ chuyển nhượng bất thành, không thống nhất về việc tính lãi phạt, doanh nghiệp đã khởi kiện ra Tòa án Nhân dân TP. Hà Nội. Trong đó, Công ty Vạn Xuân yêu cầu Công ty Anh Trí phải có trách nhiệm thanh toán tổng số tiền là 146 tỷ đồng; gồm nợ gốc 58 tỷ đồng, nợ lãi 52 tỷ đồng, phạt vi phạm hợp đồng 15 tỷ đồng và thiệt hại về tinh thần, vật chất, lỡ cơ hội kinh doanh. Còn phía Công ty Anh Trí cũng có đơn yêu cầu phạt hợp đồng.
Khi tham gia tố tụng, các bên xác nhận về số tiền nợ gốc và thỏa thuận chấm dứt hợp đồng. Tuy nhiên, hai bên đưa ra lý do chấm dứt hợp đồng khác nhau. Công ty Anh Trí cho rằng, phía đối tác chậm thanh toán tiền tạm ứng để Công ty giải phóng mặt bằng, làm các thủ tục chuyển đổi chủ đầu tư dự án. Còn Công ty Vạn Xuân xác định Công ty Anh Trí không thực hiện việc bàn giao đất và chuyển đổi chủ đầu tư, chuyển đổi dự án như cam kết.
Sau khi xem xét, vừa qua, Tòa án Nhân dân TP. Hà Nội đã ghi nhận sự thỏa thuận tự nguyện của các đương sự, tuyên bố chấm dứt hợp đồng kinh tế. Tòa án cũng tuyên buộc Công ty Anh Trí phải hoàn trả số tiền 58 tỷ đồng đã nhận. Mặt khác, Công ty Vạn Xuân phải có trách nhiệm hoàn trả hồ sơ gốc theo biên bản bàn giao cho Công ty Anh Trí. Về vấn đề phạt hợp đồng, Hội đồng xét xử chấp nhận một phần yêu cầu của Công ty Vạn Xuân, buộc Công ty Anh Trí thanh toán khoản phạt vi phạm hợp đồng số tiền 5,8 tỷ đồng.
Trên thực tế, mặc dù đã có những thỏa thuận mức phạt vi phạm, nhưng khi xảy ra tranh chấp, có bên tìm cách lẩn tránh và đề nghị bác bỏ lãi suất đã thỏa thuận. Việc tính toán nợ gốc, lãi phạt… theo đó trở nên phức tạp, có thể khiến vụ việc bị kéo dài. Do đó, năm 2018, Hội đồng thẩm phán đã ban hành án lệ về việc xác định lãi suất nợ quá hạn và việc trả lãi trên số tiền phạt vi phạm, bồi thường thiệt hại. Trong nhiều vụ việc, đây được coi là “chìa khóa” giúp giải quyết các tranh chấp một cách thống nhất và triệt để.