Theo Bộ Tài chính, thực hiện Kết luận của Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc tại cuộc họp Thường trực Chính phủ về đảm bảo an ninh lương thực trong bối cảnh tác động của dịch Covid-19 theo Thông báo số 121/TB-VPCP ngày 23/3/2020 của Văn phòng Chính phủ, trong đó có chỉ đạo Tổng cục Hải quan tạm dừng việc mở tờ khai hải quan xuất khẩu gạo từ 0 giờ ngày 24/3/2020.
Ngày 10/4/2020, Bộ trưởng Bộ Công thương ban hành Quyết định 1106/QĐ-BCT về công bố hạn ngạch xuất khẩu gạo trong tháng 4/2020. Quyết định này có hiệu lực kể từ 0 giờ ngày 11/4/2020, nhưng tại thời điểm này, Tổng cục Hải quan chưa nhận được bản chính thức từ Bộ Công thương, mà đến 9 giờ 30 ngày 11/4/2020 mới nhận được bản chụp do Bộ Công thương gửi qua thư điện tử. Ngày 13/4/2020, Tổng cục Hải quan mới nhận được bản chính thức.
Căn cứ nguyên tắc quản lý hạn ngạch tại Quyết định 1106/QĐ-BCT, Tổng cục Hài quan tiến hành thiết lập các chỉ tiêu thông tin trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (VNACCS) để tự động theo dõi trừ lùi số lượng gạo xuẩt khẩu trong hạn ngạch được phép xuất khẩu và áp dụng từ 0 giờ ngày 12/4/2020.
Bộ Tài chính khẳng định, việc trừ lùi sẽ được Hệ thống tự động thực hiện ngay sau khi người khai hải quan gửi thông tin tờ khai hải quan đến Hệ thống theo nguyên tắc tờ khai hải quan đăng ký trước sẽ được trừ vào hạn ngạch xuất khẩu trước. Hệ thống sẽ tự động dừng tiếp nhận thông tin đăng ký tờ khai hải quan nếu số lượng đăng ký chạm mốc hạn ngạch được phép xuất khẩu (là 400.000 tấn), không có sự can thiệp của công chức hải quan.
Theo thống kê của Tổng cục Hải quan, từ 0 giờ đến 6 giờ 15 ngày 12/4/2020 đã có 38 doanh nghiệp đăng ký 519 tờ khai xuất khẩu, với số lượng gạo đã đăng ký tờ khai xuất khẩu 399.989,43 tấn. Trong đó, có 1 doanh nghiệp đã đăng ký xuất khẩu 102 tờ khai, với 96.234 tấn; hạn ngạch xuất khẩu gạo chỉ còn 10,57 tấn. Vì vậy, các doanh nghiệp tiếp tục đăng ký tờ khai xuất khẩu với số lượng lớn hơn 10,57 tấn thì không được hệ thống tiếp nhận.
Sau thời điểm 6 giờ 15 ngày 12/4/2020 đã có 2 doanh nghiệp (trong đó có 1 doanh nghiệp đã đăng ký tờ khai thời điểm trước đó) đăng ký 2 tờ khai với số lượng ít hơn 10,57 tấn thì được hệ thống tiếp nhận (15 giờ 10 đăng ký xuất 9 tấn và 19 giờ 34 đăng ký xuất 1,2 tấn).
Trước thông tin có nhiều nghi vấn tiêu cực trong tổ chức triển khai thực hiện hoạt động xuất khẩu gạo, để đảm bảo tính khách quan, minh bạch và tính tổng thể các vấn đề báo chí, doanh nghiệp, mạng xã hội phản ánh dấu hiệu tiêu cực trong quản lý hoạt động xuất khẩu gạo thời gian qua, Bộ Tài chính đề nghị Bộ Công an chỉ đạo các cơ quan chức năng xem xét điều tra, xác minh làm rõ các nội dung nêu trên nhằm xử lý nghiêm mọi hành vi vi phạm pháp luật của các tổ chức, cá nhân trong hoạt động xuất khẩu gạo, cũng như xử lý trách nhiệm các tổ chức, cá nhân trong trường hợp đưa thông tin xuyên tạc, sai sự thật.
Cùng ngày, Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng cũng có Công văn số 4764/BTC-VP yêu cầu Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan khẩn trương tổ chức thanh tra, kiểm tra, xác minh làm rõ nội dung thông tin báo chí, mạng xã hội và doanh nghiệp phản ánh về những nghi vấn trong việc can thiệp của công chức hải quan, cơ quan hải quan đối với việc mở tờ khai xuất khẩu gạo, xử lý nghiêm sai phạm của tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật. Bộ trưởng Bộ Tài chính yêu cầu Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan báo cáo kết quả thực hiện trước ngày 30/4/2020.