Phòng Kế hoạch tổng hợp chỉ thu 2 khoản gồm học phí và ký túc xá với số tiền phải thu là 1,07 triệu USD; tương đương 19,1 tỷ đồng. Trong số đó, bà Đào Thị Thu Giang, Trưởng phòng Kế hoạch tài chính đã giao cho bà Nguyễn Thị Hoa thu của 224 sinh viên, thuộc 8 hợp đồng với 8 đơn vị khác nhau số tiền 197.200 USD (tương đương 3,2 tỷ đồng) song không nhập quỹ, không ghi sổ kế toán.
Đến năm 2013, Phòng Kế hoạch tổng hợp mới lập phiếu thu số tiền 3,01 tỷ đồng vào quỹ tiền mặt của trường và hạch toán là thu nhập bất thường năm 2013.
Theo thanh tra, việc để ngoài sổ sách số tiền 3,2 tỷ đồng là vi phạm Luật Kế toán, Luật Ngân sách nhà nước, có dấu hiệu tội Cố ý làm trái quy định nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng (theo BLHS năm 1999).
Do đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra (Bộ Công an) để tiếp tục làm rõ, xử lý theo pháp luật.
Nhiều sai phạm thu, chi
Kết luận thanh tra còn cho rằng, năm 2017, Trường Đại học Ngoại thương đã ký 3 hợp đồng liên kết đào tạo đại học tại chức với Tổng công ty Xây dựng Hà Nội (Handico), trong khi Handico không có chức năng đào tạo là trái với Điều 45, Điều 46, Luật giáo dục 2005 quy định về vừa học, vừa làm.
Ngoài ra, Đại học Ngoại thương còn thỏa thuận giao cho Handico quản lý lớp học, thu học phí, cử cán bộ tham gia giảng dạy và có thể mời giáo viên khi có sự đồng ý của trường là không đúng quy định tại Điều 58, Luật giáo dục 2005.
Bên cạnh đó, năm học 2006 - 2007, Trường Đại học ngoại thương quy định và thực hiện thu mức học phí cao hơn quy định.
Các năm học 2007 - 2008 đến năm học 2012 - 2013, trường có quy định thu thêm khoản hỗ trợ đào tạo đối với học viên không phải là cán bộ, viên chức đi học; trái quy định tại Điều 3, Quyết định số 70/QĐ-TTg ngày 31/3/1998 về việc thu và sử dụng học phí ở các cơ sở giáo dục, đào tạo công lập thuộc hệ thống giáo dục quốc dân và Điều 12, Nghị định số 49/2010/NĐ-CP về việc miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập.
Tổng số tiền thu sai 2 khoản trên là 2,8 tỷ đồng.
Mặt khác, từ năm 2009 - 2012, Khoa Sau đại học tổ chức thu, chi tiền ôn thi cao học trái quy định, để ngoài sổ sách số tiền 1,5 tỷ đồng.
Các năm 2011 - 2013, Trường còn có quyết định phạt với học viện chậm nộp học phí là trái thẩm quyền. Hiện nhà trường đã trả lại cho 62 học viên số tiền 14,2 triệu đồng; chưa trả 1,3 tỷ đồng của 2.493 học viên.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị, các khoản thu sai cần trả lại cho người nộp. Tuy nhiên, thời gian thực hiện đã trên 5 năm, số lượng người nộp lớn, việc trả lại là không thể thực hiện. Yêu cầu Bộ Giáo dục và Đào tạo thống nhất với Bộ Tài chính để xử lý.