Một nội dung mới đáng chú ý tại dự thảo lần này là không hoàn thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.
Theo lãnh đạo Vụ Chính sách thuế, Bộ Tài chính, để bảo đảm đồng bộ với Luật Doanh nghiệp và Luật Đầu tư, qua đó góp phần quản lý chặt chẽ, lành mạnh hóa các hoạt động kinh tế, Chính phủ đề nghị không hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hai trường hợp dự án đầu tư như trên trong thời điểm doanh nghiệp vi phạm Luật Doanh nghiệp.
