Theo Tổng cục Thuế, những vướng mắc về thuế GTGT của DN xuất khẩu mặt hàng nông sản, thủy sản xuất phát từ thực trạng cuối năm 2013, lợi dụng chính sách thông thoáng của Nhà nước trong kê khai thuế, một số DN sản xuất và xuất khẩu hàng nông sản đã có hành vi gian lận để chiếm đoạt tiền thuế. Thực tế này đã dẫn tới việc cục thuế các địa phương phải tạm thời giữ lại tiền thuế của các DN xuất khẩu nông sản, đồng thời chuyển một số hồ sơ vụ việc gian lận thuế sang cơ quan công an điều tra, khiến một số DN vẫn chưa được hoàn thuế GTGT, ảnh hưởng tới vấn đề hoàn vốn và khấu trừ nợ trong khâu mua bán đầu vào của một số DN với người nuôi trồng.
Để từng bước giải quyết những vướng mắc này, đại diện Tổng cục Thuế cho biết, thời gian qua, cơ quan này đã thường xuyên phối hợp với các hiệp hội, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để đưa ra các chính sách kịp thời tháo gỡ những vướng mắc phát sinh. Trong tháng 5/2014, Tổng cục Thuế đã có công văn gửi Hiệp hội Thủy sản hướng dẫn giải quyết đối với trường hợp không phải kê khai nộp thuế GTGT đối với một số mặt hàng hàng nông, thủy sản khi xuất hàng, nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào. Bộ Tài chính cũng có công văn gửi UBND tỉnh Bến Tre và các tỉnh về việc hướng dẫn không phải kê khai nộp thuế đối với dừa và chế phẩm từ dừa, hướng dẫn không phải kê khai nộp thuế VAT đối với sản phẩm chè, gỗ…
Đối với nhóm ngành hàng cao su, Tổng cục Thuế cho biết, đã 2 lần gửi văn bản trực tiếp tới Hiệp hội Cao su Việt Nam, hướng dẫn cụ thể sản phẩm cao su sơ chế không phải kê khai nộp thuế đối với sản phẩm cao su. Tuy nhiên, theo đại diện cơ quan này, đối với sản phẩm cao su loại phải nộp thuế 5% theo quy định về thuế GTGT mà Nghị định 209 không đề cập thì vẫn phải thực hiện theo quy định của Luật Thuế GTGT. Còn đối với sản phẩm chưa qua sơ chế thì không phải nộp thuế, bản thân người trồng trực tiếp bán ra cũng như người xuất khẩu trực tiếp cũng không phải kê khai nộp thuế VAT.
“Đây là quy định trong luật, việc giải quyết phải theo thẩm quyền và tùy mức độ, do đó, DN cần hiểu và thực hiện đúng theo luật”, đại diện Tổng cục Thuế lý giải khi có ý kiến cho rằng, DN cao su đang bị đối xử bất bình đẳng khi vẫn bị áp thuế GTGT đối với một số mặt hàng cao su sơ chế.
Riêng đối với các vụ việc còn đang vướng mắc về kê khai thuế, Bộ Tài chính cho biết, đang cử các đoàn công tác trực tiếp về địa phương để phối hợp với cơ quan địa phương rà soát tình hình, kịp thời giải quyết cho DN. Đối với một số đối tượng chiếm đoạt tiền thuế, cục thuế địa phương đang phối hợp với cơ quan công an tiếp tục đẩy nhanh điều tra.
“Một số vụ gian lận có tình tiết khá phức tạp, với thủ đoạn gian lận tinh vi, chúng tôi cần thêm thời gian để điều tra, nên chưa thể có kết quả ngay”, đại diện Tổng cục Thuế khẳng định.
