Một trong những vấn đề được quan tâm nhất tại buổi đối thoại là chính sách thuế giá trị gia tăng đối với máy móc thiết bị. Hiện nay, hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư vào khu công nghệ cao được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại Khoản 7, Điều 101 Thông tư 194/2010/TT-BTC ngày 6/12/2010 của Bộ Tài chính (nay được thay thế bằng Thông tư 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013). Tuy nhiên, đối với thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định, thì căn cứ vào Điểm 17, Mục II, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008, chỉ miễn thuế giá trị gia tăng đối với máy móc, thiết bị, vật tư nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ.
Đối với các dự án đầu tư trong khu công nghệ cao, máy móc thiết bị nhập khẩu hầu hết có giá trị lớn, nên doanh nghiệp phải đóng khoản thuế giá trị gia tăng (GTGT) lớn. Do đó, doanh nghiệp Khu công nghệ cao TP.HCM kiến nghị UBND TP.HCM đề xuất Bộ Tài chính xem xét miễn thuế GTGT với máy móc, thiết bị tạo tài sản cố định.
Trả lời vấn đề trên, bà Trần Thị Lệ Nga, Phó cục trưởng Cục Thuế TP.HCM cho hay, Cục Thuế ghi nhận khó khăn tương tự không chỉ xảy ra đối với doanh nghiệp đầu tư trong Khu công nghệ cao TP.HCM, mà còn xảy ra ở các khu chế xuất, khu công nghiệp khác.
“Do doanh nghiệp đổi mới công nghệ, thành lập mới, cần nhập khẩu máy móc, thiết bị để tạo tài sản cố định, nếu ứng trước thuế GTGT, thì sẽ tạo khó khăn về vốn cho doanh nghiệp. Vì vậy, chúng tôi ghi nhận vấn đề này và chia sẻ khó khăn thực tế của doanh nghiệp. Thực tế, doanh nghiệp sẽ không phải đóng thuế GTGT, mà chỉ phải ứng trước cho khâu nhập khẩu, sau đó được hoàn lại”, bà Nga nói và cho biết, ngày 25/8/2014, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết 63 về một số giải pháp về thuế, tháo gỡ khó khăn vướng mắc, đẩy mạnh cho sự phát triển của doanh nghiệp.
Theo đó, gia hạn thời hạn nộp thuế không quá 60 ngày đối với số tiền thuế GTGT của máy móc, thiết bị nhập khẩu, tạo tài sản cố định của dự án đầu tư mà tổng giá trị nhập khẩu từ 100 tỷ đồng trở lên. Và đến thời hạn nộp thuế, Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính là phải chỉ đạo cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp.
Về hoàn thuế GTGT, hiện có 2 trường hợp là hoàn thuế trước và kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
Đối với hoàn thuế trước, thời hạn là 6 ngày làm việc và kiểm tra trước hoàn thuế sau thời hạn là 40 ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
Theo bà Nga, với nội dung quy định của Nghị quyết 63, việc hoàn thuế sẽ khác, tức là tất cả doanh nghiệp nhập khẩu máy móc để làm tài sản cố định có giá trị từ 100 tỷ đồng trở lên, thì luôn luôn được phân loại là hoàn thuế trước.
Tuy nhiên, chưa hài lòng với quy định này, doanh nghiệp Khu công nghệ cao đề nghị, thay vì làm như vậy, thì ngay từ khâu nhập khẩu không thu thuế GTGT (thuế GTGT bằng 0%).
“Đây là vấn đề vượt thẩm quyền của Cục Thuế Thành phố. Chúng tôi ghi nhận ý kiến này và sẽ báo cáo Tổng cục Thuế trong cuộc họp gần nhất. Quan điểm của chúng tôi là tạo điều kiện tốt nhất cho doanh nghiệp, thì không thu thuế GTGT ở khâu nhập khẩu”, bà Nga nói thêm.
Có mặt tại buổi đối thoại liên quan đến ngành công nghệ thông tin lần đầu tiên được tổ chức này, ông Lê Mạnh Hà, Phó chủ tịch UBND TP.HCM khẳng định: “Công nghệ thông tin là ngành mũi nhọn, chúng ta không thể tiến nhanh, tiến mạnh nếu không phát triển được công nghệ thông tin. Muốn vậy, phải tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp, nhà đầu tư”.
