Tuy nhiên, do thiếu người có quyền lợi liên quan nên phiên tòa phải tạm hoãn.
Theo cáo trạng, Vũ Huy Phong (SN 1970) là Giám đốc chi nhánh Hà Nội - CTCP Tập đoàn Trung Nguyên chịu quản lý, điều hành chung, còn Đặng Vũ Kiên là quản lý kho, Nguyễn Hồng Phong là Trưởng phòng bán hàng.
Để bán hàng, Công ty Trung Nguyên tổ chức thành 2 kênh phân phối gồm đại lý và siêu thị, cửa hàng có sức phân phối lớn.
Các nhà phân phối nếu muốn mua được hàng phải nộp tiền trước tương ứng với số hàng định mua. Bộ phận kế toán của chi nhánh sau khi nhận tiền mặt hoặc chuyển khoản sẽ làm phiếu chuyển xuống kho. Dựa vào đó, thủ kho sẽ xuất hàng theo số lượng và chủng loại được ghi.
Trái lại, với hệ thống các siêu thị thì chính sách công ty cho phép lấy hàng trước và được trả chậm trong vòng từ 45-60 ngày. Mỗi khi siêu thị nào cần lấy hàng chỉ cần fax trước yêu cầu số lượng và chủng loại,bộ phận kế toán sẽ làm phiếu xuất kho.
Tại kho số 36 đường Phạm Hùng (Hà Nội), ngoài Kiên còn có Vũ Hoàng Giang là thủ kho. Kết thúc ngày làm việc, cả hai khóa cửa kho và niêm phong.
Khoảng giữa năm 2012, nghi ngờ hàng tồn kho quá lớn, các ngày 3, 4/6/2012, Công ty cử cán bộ trực tiếp kiểm kê thì phát hiện chi nhánh Hà Nội có số lượng hàng hóa xuất kho nhưng không có hóa đơn, không nộp tiền về công ty tổng cộng hơn 51,8 tỷ đồng.
Nhận được đơn trình báo của Công ty, cơ quan điều tra đã vào cuộc và làm rõ hành vi lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản của các bị can Vũ Huy Phong, Đặng Vũ Kiên và Vũ Hoàng Giang.
Các bị can đã lập báo cáo kiểm kê số lượng hàng hóa nhập vào, bán ra và tồn kho theo số liệu sổ sách, không kiểm kê thực tế. Do đó, trong thời gian dài, Trung Nguyên không phát hiện hàng hóa bị thất thoát.
Cụ thể, Vũ Huy Phong đã lợi dụng việc tổ chức bán hàng qua các nhà phân phối trong đó đại lý Hoàng Cúc (do Nguyễn Thị Cúc làm đại diện) để thực hiện hành vi phạm tội. Từ ngày 20/8/2009 đến ngày 9/6/2010, Phong đã nhắn 51 tin nhắn cho Đặng Vũ Kiên xuất hàng cho “Hoàng Cúc”. Kiên xuất bán cho Cúc tổng giá trị hàng hóa là 25,6 tỷ đồng.
Để tránh bị phát hiện, Phong không nhận tiền bán hàng trực tiếp mà nhờ tài xế lấy tiền. Thấy số lượng hàng xuất nhiều nhưng không nhận được phiếu xuất kho, Kiên nhiều lần nhắc nhở Phong. Phong đã thống nhất với Kiên là hàng tháng không kiểm kê thực tế kho.
Kiên khai nhận, mặc dù biết chỉ đạo trên là sai quy định, nhưng vì là nhân viên cấp dưới nên nể nang làm theo. Bản thân Kiên không được hưởng lợi hoặc chia phần.
Trước khi vụ án bị phanh phui, Vũ Huy Phong từng gửi thư cho ông Đặng Lê Nguyên Vũ, Chủ tịch HĐQT Công ty Trung Nguyên thừa nhận chỉ đạo Kiên xuất hàng cho Cúc. Tuy nhiên, quá trình điều tra, Phong không thừa nhận việc làm trên. Còn Nguyễn Thị Cúc khai nhận có cho Phong vay 1 tỷ đồng. Cả hai thống nhất Phong sẽ trả nợ bằng cà phê.
Sau khi có quyết định trả hồ sơ điều tra bổ sung lần 1, lần 2, cơ quan điều tra đã xác minh thấy Nguyễn Thị Cúc bị mất hành vi dân sự và bỏ nhà ra đi.
Ngoài lời khai của Kiên còn lời khai của kế toán trưởng, do vậy, cơ quan điều tra xác định Vũ Huy Phong chiếm đoạt số tiền 25,6 tỷ đồng của Công ty Trung Nguyên.
Qua xác minh tài sản cho thấy, Vũ Huy Phong sở hữu 1 căn hộ ở tòa nhà Keangnam do vợ Phong đứng tên với giá 375.288 USD và 2 căn biệt thự ở dự án Xanh villa (huyện Thạch Thất, Hà Nội) giá trị hơn 7,5 tỷ đồng.
Đối với khối tài sản chung, cơ quan điều tra đề nghị Trung tâm nhà đất quận Cầu giấy và huyệnThạch Thất tạm dừng giao dịch, chuyển đổi đến khi bản án có hiệu lực pháp luật.
Ngoài ra, lợi dụng vị trí trưởng phòng bán hàng, Nguyễn Hồng Phong đã nghĩ ra cách đi kiểm tra các đơn vị được nợ tiền mua hàng. Thấy các đơn vị sắp hết hàng, Phong fax về công ty làm thủ tục xuất hàng. Một số nơi không có nhu cầu mua hàng nhưng Phong vẫn báo cho bộ phận kế toán xuất hàng. Với cách thức trên, Phong chiếm đoạt của công ty 7 tỷ đồng.
Các bị cáo Vũ Huy Phong, Đặng Vũ Kiên và Nguyễn Hồng Phong bị truy tố về tội Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản.