Theo Tổng cục Thuế, một trong những vấn đề nhận được nhiều ý kiến đóng góp nhất là việc đánh thuế vào chứng khoán, bao gồm: cổ tức và thuế chuyển nhượng vốn. Trong quá trình lấy ý kiến toàn dân, rất nhiều người đã bày tỏ quan điểm chưa nên đánh thuế vào thu nhập từ chứng khoán. Lý do lớn nhất là thị trường chứng khoán Việt Nam mới phát triển, cần có chính sách khuyến khích đầu tư, mà thuế là một trong những biện pháp hiệu quả nhất. Hiệp hội Các nhà đầu tư tài chính là tổ chức rất nhiều lần có ý kiến không đồng tình về việc đánh thuế thu nhập chứng khoán, cũng như sự bất cập về phương pháp tính, tỷ lệ đánh thuế… Tuy nhiên, theo một chuyên gia từ Tổng cục Thuế thì cơ quan soạn thảo là Bộ Tài chính không muốn thay đổi quan điểm trong việc đánh thuế thu nhập từ đầu tư chứng khoán.
Thực ra, ngay từ những dự thảo đầu tiên của Luật Thuế TNCN, việc đánh thuế chứng khoán đã nhận được rất nhiều ý kiến phản đối. Tuy nhiên, những diễn biến tăng nóng trên thị trường chứng khoán Việt Nam vào cuối năm 2006, đầu năm 2007 đã tạo thuận lợi cho cơ quan soạn thảo khi giải trình về điều này. Thứ trưởng Bộ Tài chính Trương Chí Trung trong một lần trả lời phỏng vấn đã cho rằng, thị trường phát triển nhanh nên việc thuế đánh thu nhập từ chứng khoán là hợp lý.
Dự thảo đưa ra 3 loại thu nhập chứng khoán bị đánh thuế: thứ nhất là thu nhập từ cổ tức, tức là lợi nhuận hàng năm phải nộp thuế ở mức 5%; thứ hai là nhà đầu tư khi chuyển nhượng cổ phiếu phải chịu thuế thu nhập chuyển nhượng tài sản; thứ ba là thu thuế các nhà đầu tư nước ngoài không cư trú ở Việt Nam.
Bà Nguyễn Thị Cúc, nguyên Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, thành viên tham gia soạn thảo dự Luật này cho biết, có rất nhiều ý kiến đóng góp, nhưng vấn đề này cần giải trình rõ hơn. Cụ thể, có ý kiến cho rằng, đánh thuế vào cổ tức có thể bị trùng thuế. Ở điểm này, theo bà Cúc, đây không phải là trùng, vì có hai chủ thể nộp thuế khác nhau. Một bên là chủ thể doanh nghiệp phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, một bên là chủ thể cá nhân phải chịu thuế TNCN.
Về thuế chuyển nhượng chứng khoán, nhiều ý kiến cho rằng, quy định thuế suất 25% là cao và cách tính thuế rất khó, vì nhà đầu tư có lúc lỗ, lúc lãi. Tuy nhiên, bà Cúc cho rằng, thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán được lấy lỗ bù lãi và tính cho thu nhập cả năm, nên sẽ không có chuyện nhầm lẫn. Cơ quan thuế sẽ khấu trừ tại nguồn và cuối năm tính lại cho nhà đầu tư.
Đối với người không cư trú thì thuế chuyển nhượng chứng khoán là 0,1% trên giá trị chuyển nhượng, trong khi đó người cư trú nộp thuế 25% trên lãi phát sinh. Như vậy, có thể xảy ra trường hợp người trong nước phải đóng thuế cao hơn mức 0,1%. Vì vậy, có ý kiến đề nghị cho nhà đầu tư được chọn một trong hai hình thức. Riêng về vấn đề này, Bộ Tài chính có thể nghiên cứu, trình phương án tiếp thu. Tuy nhiên, nếu được lựa chọn 1 trong 2 phương pháp thì nhà đầu tư phải đăng ký từ đầu năm, không thể lúc theo cách này, lúc tính cách khác.
Về việc tính thuế, bà Cúc cho rằng, cũng không phải là khó. Hiện nay, theo quy định một nhà đầu tư chỉ được mở một tài khoản tại cơ quan lưu ký. Tất cả các hoạt động mua bán sẽ thực hiện qua tài khoản này, nên kết quả lãi lỗ trong năm có thể tính toán được. Cơ quan thuế sẽ áp dụng biện pháp khấu trừ tại nguồn, cuối năm kê khai quyết toán.