Năm 2011, hai bên ký lại phụ lục hợp đồng xác định chi tiết tài sản thế chấp gồm thiết bị, dây chuyền sản xuất, trị giá hơn 200 tỷ đồng gồm hệ thống vê viên đồng bộ, lò hoàn nguyên, xưởng luyện fero hợp kim sắt, hệ thống bơm tuần hoàn, hệ thống lọc bụi… Các tài sản được đăng ký giao dịch bảo đảm.
Ngân hàng đã giải ngân đủ số tiền 100 tỷ đồng song công ty mới trả được 25,1 tỷ đồng nợ gốc và 17,3 tỷ đồng nợ lãi. Đến tháng 3/2012, Công ty Nhật Phát vi phạm nghĩa vụ thanh toán. Ngân hàng xác định, công ty còn nợ gốc và lãi số tiền gần 130 tỷ đồng.
Ngân hàng đã khởi kiện ra tòa án yêu cầu công ty phải thanh toán số nợ trên. Trường hợp công ty không trả được nợ, ngân hàng đề nghị xử lý tài sản bảo đảm để thu hồi nợ gồm hệ thống nhà xưởng và các thiết bị máy móc.
Mới đây TAND quận Ngô Quyền đã chấp nhận đơn khởi kiện của ngân hàng. Mặc dù kết quả tố tụng thuận lợi song việc xử lý tài sản đảm bảo có thể không đạt như kỳ vọng.
Theo kết quả thẩm định và công ty thừa nhận các tài sản thế chấp đều có đủ nhưng trong tình trạng không hoạt động, không vận hành đã nhiều năm.