Theo báo cáo kiểm toán, đến ngày 31/12/2017, trên địa bàn tỉnh Quảng Nam có 47 doanh nghiệp nhà nước cổ phần hóa thuê đất trả tiền hàng năm, với tổng diện tích 46.739.715,1 m2. Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh đã quản lý, theo dõi đối tượng thuê đất, diện tích đất thuê và chuyển thông tin sang cơ quan thuế.
Tuy nhiên, diện tích đất thuê tại 3 doanh nghiệp do Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh theo dõi, quản lý chưa khớp với diện tích cơ quan thuế lập. Đó là Công ty cổ phần Nông lâm nghiệp Quyết Thắng Quảng Nam (chênh lệch 2.900.610,6 m2); Công ty cổ phần Cấp thoát nước Quảng Nam (chênh lệch 5.089,6 m2); Công ty cổ phần Môi trường đô thị Quảng Nam (chênh lệch 382.538,5 m2).
Kiểm toán Nhà nước khu vực III cũng phát hiện, 3 doanh nghiệp nhà nước cổ phần hóa trước năm 2011 đều không xây dựng phương án sử dụng đất sau cổ phần hóa trình UBND tỉnh phê duyệt, không đúng quy định của Chính phủ. 7 doanh nghiệp cổ phần hóa trước năm 2011 sử dụng đất sai mục đích, kém hiệu quả hoặc đưa vào sử dụng chưa nhiều năm.
Trong báo cáo của Kiểm toán Nhà nước khu vực III, đáng chú ý là sai phạm liên quan đến việc bố trí đất có thu tiền sử dụng đất cho Công ty TNHH MTV Đầu tư và Phát triển Kỳ Hà - Chu Lai Quảng Nam (100% vốn nhà nước) để xây dựng trụ sở làm việc tại lô A51 và A52, thuộc Dự án Khu phố mới Tân Thạnh (TP. Tam Kỳ, Quảng Nam).
Theo đó, năm 2013, UBND tỉnh Quảng Nam đã giao 2 thửa đất đô thị (lô A51 và lô A52) có diện tích 1.261 m2 cho công ty này, có thu tiền sử dụng đất với thời hạn sử dụng lâu dài để xây dựng trụ sở làm việc. Thế nhưng, việc này lại không thông qua đấu giá theo quy định. Đến tháng 5/2016, dù chưa có quyết định giao đất, chưa được UBND TP.Tam Kỳ cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, nhưng Công ty Kỳ Hà - Chu Lai Quảng Nam đã trình UBND tỉnh Quảng Nam xin chuyển nhượng và được chấp thuận. Lô đất A51, A52 sau đó được chuyển nhượng cho cá nhân làm đất ở.
Trước những sai phạm trên, Kiểm toán Nhà nước khu vực III kiến nghị tỉnh Quảng Nam thu hồi nộp ngân sách nhà nước số tiền thuê đất hơn 311 triệu đồng của Công ty cổ phần Cấp thoát nước Quảng Nam. Đồng thời kiến nghị, UBND tỉnh Quảng Nam thu hồi giấy chứng nhận sử dụng đất 1.448,5 m2 của Công ty cổ phần Xây lắp điện Quảng Nam đang quản lý, hủy hợp đồng thuê đất đối với công ty này. Kiến nghị rà soát 7 thửa đất, diện tích 721.973 m2 không có nhu cầu sử dụng, sử dụng sai mục đích để xử lý theo đúng quy định pháp luật.
Liên quan đến 2 thửa đất đô thị (lô A51 và lô A52) có diện tích 1.261 m2 chuyển nhượng không đúng theo Luật Đất đai, Kiểm toán Nhà nước khu vực III đề nghị tổ chức thanh tra, kiểm tra, yêu cầu làm rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan đến những sai phạm trong việc giao đất có thu tiền đất đối với 2 thửa đất trên. Đề nghị kiểm điểm trách nhiệm Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư và Phát triển Kỳ Hà - Chu Lai Quảng Nam trong việc chuyển nhượng thửa đất khi chưa được cấp quyền sử dụng đất.
Kiểm toán Nhà nước khu vực III cũng yêu cầu kiểm điểm trách nhiệm của Chủ tịch UBND tỉnh, các tập thể cá nhân liên quan trong việc bán tài sản trên đất tại số 14 - Phan Châu Trinh (TP.Tam Kỳ) có diện tích 304 m2 của Công ty cổ phần Xây lắp điện Quảng Nam năm 2011 không thông qua đấu giá theo quy định… Kiến nghị UBND tỉnh Quảng Nam thu hồi các giấy chứng nhận quyền sử dụng đã cấp không đúng mục đích..