Về trách nhiệm dân sự, nhà đất ở 82 Trần Quốc Toản đã được xử lý trong bản án khác nên HĐXX không xem xét. Tòa án cũng cho rằng không xác định được bị cáo được hưởng lợi vật chất nên quyết định trả lại tài sản đã bị thu giữ.
Theo cáo trạng, năm 1996, Báo Đại Đoàn Kết có công văn gửi UBND TP. Đà Nẵng đề nghị được cấp (hoặc thuê) một căn nhà tại địa điểm thuận lợi ở trung tâm Thành phố để làm trụ sở văn phòng đại diện; giao cho ông Trương Duy Nhất liên hệ với chính quyền địa phương.
Lúc này, UBND TP. Đà Nẵng có chủ trương sắp xếp, xử lý nhà, đất công sản trên địa bàn Thành phố, trong đó có áp dụng chính sách bán nhà ở thuộc sở hữu nhà nước cho người đang thuê theo Nghị định 61 của Chính phủ được điều chỉnh hệ số sinh lợi và áp dụng giá ưu đãi. Ông Trương Duy Nhất đã ký 3 văn bản gửi UBND TP. Đà Nẵng.
Năm 2004, UBND TP. Đà Nẵng có quyết định đồng ý bán nhà đất số 82 Trần Quốc Toản với giá ưu đãi là hơn 674 triệu đồng cho Báo Đại Đoàn Kết.
Phan Văn Anh Vũ đến tòa với vai trò người có quyền lợi nghĩa vụ liên quan.
Sẵn mối quan hệ với Phan Văn Anh Vũ, ông Nhất đã ký hợp đồng nguyên tắc với Công ty Xây dựng 79 của Vũ, để công ty này thay thế nộp tiền, sau đó báo cáo lãnh đạo Ban biên tập Báo Đại Đoàn Kết.
Theo cơ quan tố tụng, hành vi xin mua, sau đó ký bán, chuyển nhượng nhà, đất công sản số 82 Trần Quốc Toản của Trương Duy Nhất giúp cho Công ty Xây dựng 79 mua được nhà, đất công sản không đúng đối tượng.
Trong đó, Văn phòng đại diện của Báo Đại Đoàn Kết có trụ sở làm việc nên Trương Duy Nhất đã có hành vi làm trái công vụ, gây thiệt hại tài sản Nhà nước hơn 13 tỷ đồng.