Vụ việc này từng được các bên làm việc đàm phán nhiều lần, có các ý kiến chỉ đạo của bộ ngành, song tòa án vẫn vận dụng pháp luật để giải quyết hợp đồng.
Đàm phán bất thành
Năm 2013, Công ty Yên Khánh và Công ty Cửu Long ký hợp đồng bán quyền thu phí sử dụng đường bộ trên đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương giai đoạn 1. Công ty Yên Khánh phải thanh toán số tiền 2.004 tỷ đồng để được quyền thu phí tại 4 trạm trong thời hạn 5 năm (từ năm 2014-2019).
Để đảm bảo cho việc thanh toán, Ngân hàng BIDV phát hành chứng thư bảo lãnh Công ty Yên Khánh, cam kết không điều kiện, không hủy ngang, trị giá 100,2 tỷ đồng. Thời hạn từ năm 2013 đến ngày 31/1/2019.
Khi thực hiện hợp đồng, hai bên phát sinh tranh chấp về khoản tiền lãi chậm thanh toán, tiền thuế GTGT và tiền đền bù thiệt hại do việc thi công hệ thống giao thông thông minh ITS trên tuyến đường cao tốc.
Công ty Cửu Long yêu cầu Công ty Yên Khánh phải thanh toán tiền lãi chậm thanh toán là 259,7 tỷ đồng. Trong khi đó, Công ty Yên Khánh yêu cầu Công ty Cửu Long phải thanh toán tiền thuế GTGT và đền bù thiệt hại là 2,3 tỷ đồng cùng lãi chậm thanh toán. Hai bên cũng có cam kết khấu trừ các khoản cho nhau.
Ngày 18/6/2018, Bộ Tài chính có văn bản số 7216 cho biết có thể bù trừ số tiền thuế VAT phải nộp với số tiền bán quyền thu phí chưa thanh toán. Song theo quy định pháp luật thì chưa đủ điều kiện để bù trừ trực tiếp 2 khoản này.
Trong thời gian này, Bộ GTVT có văn bản đề nghị Thủ tướng Chính phủ cho thực hiện phương án, Công ty Yên Khánh phải nộp đủ số tiền phạt chậm thanh toán. Chính phủ giao Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư cân đối bố trí dự toán chi ngân sách năm 2018 cho Bộ GTVT để trả tiền thuế VAT và tiền đền bù.
Quá trình làm việc, do không thống nhất cách giải quyết nên ngày 14/8/2018, Công ty Yên Khánh đã khởi kiện vụ việc ra tòa án.
Công ty Yên Khánh đề nghị tòa án buộc Công ty Cửu Long phải hoàn trả thuế GTGT từ năm 2017-2018 là 117,4 tỷ đồng, tiền lãi mà công ty phải trả cho ngân hàng để vay tiền nộp thuế thay là 6,8 tỷ đồng, tiền đền bù là 2,3 tỷ đồng và tiền lãi là 850 triệu đồng.Tổng cộng là 127,5 tỷ đồng. Nếu Công ty Cửu Long không thanh toán đủ thì phải để cho Công ty Yên Khánh tiếp tục gia hạn thời hạn thu phí cho đến khi thu đủ tiền.
Công ty Cửu Long phản tố đề nghị buộc Công ty Yên Khánh phải thanh toán tiền do chậm thanh toán số tiền 2.004 tỷ đồng với mức lãi bằng 150% lãi suất cơ bản là 264 tỷ đồng.
Bản án sơ thẩm năm 2018 đã chấp nhận toàn bộ yêu cầu khởi kiện buộc Công ty Cửu Long phải thanh toán số tiền 127,5 tỷ đồng. Tòa án cũng tuyên buộc Công ty Yên Khánh phải thanh toán tiền phạt chậm trả (lãi suất 8%) là 160,3 tỷ đồng. Tòa cũng buộc Công ty Yên Khánh phải bàn giao lại quyền thu phí cho Công ty Cửu Long từ 0h ngày 1/1/2019. Trường hợp công ty Yên Khánh không thực hiện, ngân hàng phải thực hiện bảo lãnh số tiền 100 tỷ đồng.
Sau phiên tòa trên, Công ty Cửu Long kháng cáo bản án trên.
Bộ bảo có, tòa nói không!
Về việc nộp thuế GTGT, từ năm 2015-2018, Bộ GTVT, Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Văn phòng Chính phủ có nhiều văn bản thể hiện nội dung liên quan đến việc hoàn thuế GTGT cho Công ty Yên Khánh.
Tòa phúc thẩm nhận định, quan hệ thu, nộp, khấu trừ thuế là quan hệ giữa Công ty Yên Khánh với cơ quan thuế. Hợp đồng quy định Công ty Yên Khánh phải thực hiện các nghĩa vụ đối với ngân sách nhà nước và các quy định về thuế.
Quan hệ chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc là quan hệ dân sự. Giữa hai bên không thỏa thuận, pháp luật không quy định Công ty Cửu Long phải trả lại Công ty Yên Khánh số tiền thuế GTGT. Các văn bản của bộ ngành, không phải là văn bản của cơ quan có thẩm quyền buộc Công ty Cửu Long phải trả lại số tiền thuế GTGT.
Do đó, tòa phúc thẩm không chấp nhận yêu cầu này.
Còn việc triển khai thi công hệ thống ITS là của Bộ GTVT, không phải là hành vi của Công ty Cửu Long. Hai bên không thỏa thuận Công ty Cửu Long phải có trách nhiệm bồi thường về các thiệt hại do các chủ thể khác gây ra trong quá trình thu phí. Do đó, tòa sơ thẩm chấp nhận tiền 2,3 tỷ đồng và lãi là không có căn cứ. Tuy nhiên, Công ty Cửu Long tự nguyện thanh toán khoản tiền này thì cần ghi nhận.
Cấp phúc thẩm cũng xác định, lãi chậm thanh toán khoản tiền 2.004 tỷ đồng là 9%/năm. Từ đó, cấp phúc thẩm tuyên buộc Công ty Yên Khánh phải thanh toán số tiền hơn 262 tỷ đồng chậm thanh toán. Ngân hàng liên đới phải thanh toán cho Công ty Cửu Long số tiền 100 tỷ đồng.