Theo đó, tổ chức, cá nhân được cấp Giấy phép khai thác tài nguyên, thực hiện khai thác thông qua hình thức thuê hoặc hợp tác với tổ chức, cá nhân khác để khai thác tài nguyên thì tổ chức, cá nhân được cấp Giấy phép khai thác phải kê khai, nộp thuế tài nguyên trên toàn bộ sản lượng tài nguyên khai thác từ mỏ theo Giấy phép khai thác đã cấp.
Riêng đối với tập đoàn, tổng công ty đã được Chính phủ cấp phép khai thác khoáng sản và phân cấp cho các đơn vị trực thuộc tổ chức khai thác và tiêu thụ tài nguyên thì mỗi đơn vị thực hiện khai, nộp thuế tài nguyên cho sản lượng tài nguyên khai thác phát sinh tại đơn vị mình theo giá tính thuế tài nguyên do UBND cấp tỉnh quy định.
Trong quá trình quản lý thuế, cơ quan thuế phát hiện giá tính thuế tài nguyên tăng hoặc giảm 20% so với bảng giá tính thuế tài nguyên của địa phương khác thì báo cáo với UBND cấp tỉnh điều chỉnh giá tính thuế cho phù hợp. Việc điều chỉnh giá tính thuế phải căn cứ vào hàm lượng; tỷ lệ thu hồi; điều kiện cơ sở hạ tầng khai thác, điều kiện tiêu thụ tài nguyên thực tế trên thị trường.
