Trạm thu phí Đại Xuyên nằm giữa hai dự án cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ và Cầu Giẽ - Ninh Bình, với hai phương thức thu phí khác nhau. VEC tổ chức thu phí bằng thẻ cho đoạn Cầu Giẽ - Ninh Bình, đoạn còn lại do Công ty BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ quản lý thu phí bằng vé giấy.
Theo lãnh đạo của VEC, từ tối 25/12, trạm thu phí Đại Xuyên ngừng hoạt động. Hai hình thức thu phí sẽ được áp dụng với các phương tiện lưu thông trên tuyến. Một là thu phí kín tự động, biển số xe và số km được nhận dạng qua thẻ phát cho tài xế. Hai là thu phí không dừng, tự động trừ tiền qua thẻ dán trên kính xe.
Ôtô đi cả tuyến hoặc giữa chặng được tính phí theo km lưu thông. Nguồn phí thu về phân bổ cho hai đơn vị quản lý dự án theo số km.
Trước đó ngày 29/11, Bộ trưởng Giao thông Vận tải Trương Quang Nghĩa đã yêu cầu bỏ trạm thu phí Đại Xuyên để tạo thuận lợi cho phương tiện giao thông. Trạm này nằm giữa hai dự án cao tốc nên các phương tiện thường phải dừng khá lâu để trả tiền khi đi hết cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ, rồi lấy thẻ để đi vào cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình.
Theo báo cáo của VEC, từ năm 2011 đến nay, tại trạm thu phí Đại Xuyên đã ùn tắc khoảng 150 lần, nhất là vào các ngày cao điểm như lễ, Tết. Khi tuyến Pháp Vân - Cầu Giẽ được mở rộng, có thời điểm ùn tắc lên đến 3 km.