Theo Chương trình này, phấn đấu đến năm 2020, góp phần đạt chỉ tiêu 26,5 giường bệnh/10.000 dân; tiếp tục tập trung đầu tư, hoàn thành 64 dự án chuyển tiếp đã được đầu tư trong giai đoạn 2011- 2015 nhưng chưa hoàn thành do thiếu vốn và triển khai thực hiện tối thiểu 28 dự án khởi công mới trong giai đoạn 2016 - 2020 và tăng lên khi được bổ sung nguồn ngân sách trung ương nhưng tối đa không quá 52 dự án.
Tổng vốn thực hiện Chương trình là 19.829 tỷ đồng (điều chỉnh tăng thêm khi có nguồn nhưng không vượt quá 22.500 tỷ đồng), trong đó vốn đầu tư phát triển ngân sách trung ương là 2.389 tỷ đồng (điều chỉnh tăng thêm khi có nguồn nhưng không vượt quá 5.060 tỷ đồng); vốn ODA và viện trợ 4.940 tỷ đồng; vốn ngân sách địa phương và xổ số kiến thiết 10.000 tỷ đồng; nguồn vốn khác 2.500 tỷ đồng.
Chương trình có 3 Dự án thành phần, trong đó Dự án 1 là hỗ trợ đầu tư cho các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh y học hiện đại, thực hiện Đề án giảm quá tải bệnh viện giai đoạn 2013 - 2020. Cụ thể, hoàn thành các dự án chuyển tiếp đã được đầu tư trong giai đoạn 2011-2015; đầu tư xây dựng mới các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh phù hợp với quy hoạch được cấp có thẩm quyền phê duyệt; đầu tư nâng cấp, mở rộng cơ sở hạ tầng một số bệnh viện đa khoa và chuyên khoa tuyến tỉnh, tuyến huyện; cung cấp thiết bị y tế phù hợp với định hướng phát triển chuyên môn kỹ thuật của các cơ sở y tế.
Dự án 2 hỗ trợ đầu tư cơ sở khám chữa bệnh y học cổ truyền góp phần thực hiện Đề án đầu tư xây dựng, nâng cấp hệ thống bệnh viện y học cổ truyền giai đoạn 2014 - 2025, phấn đấu khám chữa bệnh y học cổ truyền đạt trên 20% tổng số khám chữa bệnh tại tuyến tỉnh vào năm 2020; nâng cao chất lượng khám chữa bệnh y học cổ truyền và kết hợp y học cổ truyền với y học hiện đại đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh của người dân.
Dự án 3 hỗ trợ đầu tư các cơ sở y tế ven biển, trên đào thực hiện Đề án phát triển hệ thống y tế biển, đảo Việt Nam đến năm 2020 gồm các hoạt động: Đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng cho một số cơ sở y tế vùng biển, đảo; đầu tư mua sắm thiết bị y tế cho một số cơ sở y tế vùng biển, đảo đáp ứng nhu cầu bảo vệ, chăm sóc sức khỏe người dân vùng biển đảo. Tổng kinh phí thực hiện Dự án này là 1.591 tỷ đồng (điều chỉnh tăng thêm khi có nguồn nhưng không vượt quá 1.738 tỷ đồng).