Cục Cảnh sát phòng chống tham nhũng đã khởi tố bị can và áp dụng biện pháp ngăn chặn với ông Khánh để phục vụ điều tra tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Cùng bị khởi tố với tội danh trên còn có ông Bùi Văn Viện (nguyên phó tổng giám đốc Tổng Công ty CP Vận tải dầu khí Việt Nam), ông Phạm Văn Đoàn (Giám đốc Công ty TNHH Hợp Thủy).
Động thái tố tụng trên là diễn tiến điều tra mở rộng vụ án tham ô tài sản xảy ra tại Xí nghiệp sửa chữa tàu biển Falcon (nay là Công ty CP Vận tải dầu khí Việt Nam), thuộc Tổng Công ty CP Vận tải dầu khí Việt Nam. Tháng 10/2012, Cơ quan điều tra Bộ Công an cũng đã khởi tố, bắt tạm giam Nguyễn Thế Ngọc, 37 tuổi, nguyên kế toán trưởng của doanh nghiệp này.
Vài năm trước, Xí nghiệp sửa chữa tàu biển Falcon ký hợp đồng sửa chữa một sà lan 5.000 tấn, trị giá hợp đồng hơn 3,6 tỷ đồng. Quá trình sửa chữa, đơn vị này bổ sung dự toán thêm hơn 2 tỷ đồng. Tháng 3/2007, đơn vị sửa chữa đã nghiệm thu và 7 tháng sau, Falcon đã quyết toán, thanh lý hợp đồng. Theo tài liệu điều tra của cơ quan chức năng, các bị can trên đã lập khống hồ sơ tài liệu để chiếm đoạt hàng tỷ đồng của Nhà nước.
Tổng Công ty CP Vận tải dầu khí Việt