Ngoài việc hạ thuế suất phổ thông, Bộ Tài chính còn dự định bỏ thu thuế bổ sung đối với thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất. Để tạo nguồn lực đầu tư phát triển, ứng dụng công nghệ mới, đổi mới thiết bị, hằng năm doanh nghiệp được dành tối đa 10% thu nhập trước khi tính thuế để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ.
Đối với khoản ưu đãi thuế, dự thảo Luật quy định các doanh nghiệp mới thành lập, hoạt động tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; các doanh nghiệp mới thành lập, hoạt động trong các lĩnh vực mũi nhọn như công nghệ cao, nghiên cứu và phát triển; các lĩnh vực được xã hội hóa gồm giáo dục - đào tạo, y tế, văn hóa - nghệ thuật, thể thao và bảo vệ môi trường, được hưởng thuế suất 10% trong thời gian 15 năm, được miễn thuế tối đa 4 năm và giảm 50% tối đa 9 năm. Đối với các trường hợp đặc biệt thì có thể được hưởng thuế suất 10% trong thời gian dài hơn theo quy định của Chính phủ.
Ngoài ra, các doanh nghiệp mới thành lập, hoạt động tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn cũng được hưởng thuế suất 20% trong thời gian 10 năm, được miễn thuế tối đa 2 năm và giảm 50% tối đa 4 năm.
Theo Bộ Tài chính, việc điều chỉnh giảm thuế suất và sắp xếp lại ưu đãi thuế về cơ bản sẽ không ảnh hưởng đến số thu ngân sách. Tuy có giảm thuế do hạ thuế suất phổ thông, nhưng bù lại, với chính sách ưu đãi đồng bộ và môi trường đầu tư, kinh doanh thuận lợi hơn sẽ góp phần thúc đẩy kinh tế phát triển, tạo nguồn thu ổn định trong tương lai.
Theo số liệu thống kê của Bộ Tài chính, năm 2006, chỉ tính riêng 45 tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước, vốn kinh doanh đã được tích lũy thêm 5.300 tỷ đồng, quỹ đầu tư phát triển tăng gần 13.000 tỷ đồng và quỹ dự phòng tài chính để phòng ngừa rủi ro trong kinh doanh tăng khoảng 2.000 tỷ đồng.
