Sở Giao dịch chứng khoán Việt Nam sẽ tổ chức điều hành 3 thị trường riêng biệt: thị trường cổ phiếu sẽ được tổ chức giao dịch tại TP. HCM; thị trường trái phiếu và thị trường chứng khoán phái sinh sẽ được tổ chức giao dịch tại Hà Nội.
Việc hợp nhất các sở giao dịch chứng khoán sẽ triển khai theo 2 giai đoạn. Giai đoạn đầu là thành lập Sở Giao dịch chứng khoán Việt Nam trên cơ sở hợp nhất các sở giao dịch chứng khoán về tổ chức bộ máy, tài chính nhưng vẫn duy trì hoạt động các thị trường giao dịch chứng khoán như hiện tại.
Giai đoạn tiếp theo sẽ phân định triệt để các khu vực của thị trường thông qua tổ chức lại các thị trường giao dịch chứng khoán gắn liền với hoàn thiện hệ thống công nghệ thông tin, thống nhất tiêu chuẩn công nghệ nền tảng cho hoạt động của thị trường cổ phiếu, trái phiếu, thị trường phái sinh và hoạt động thanh toán bù trừ chứng khoán của Trung tâm Lưu ký.