Năm 2004, vụ án lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra tại Công ty Vinapco bị phát giác. Từ đó tới nay, Công ty Vinapco chưa thể giải quyết xong các hợp đồng.
Theo đơn khởi kiện, năm 2003-2004, Xí nghiệp Thương mại dầu khí Hàng không Việt Nam, đơn vị trực thuộc Công ty Vinapco (trụ sở tại quận Long Biên, Hà Nội) và Công ty Đông Xuyên ký 3 hợp đồng tiếp nhận, bảo quản, bơm rót dầu JET A1 tại tàu nhập khẩu lên kho Công ty Đông Xuyên (Bà Rịa -Vũng Tàu). Hợp đồng đã quy định cụ thể về tỷ lệ hao hụt bảo quản và bơm rót, phí chống tràn dầu, chi phí tiếp nhận đơn hàng lên kho, phương thức thanh toán...
Quá trình thực hiện hợp đồng, do phát sinh một số vấn đề, hai bên đã ký thêm phụ lục hợp đồng sửa đổi bổ sung. Trường hợp bên B chưa có cầu cảng tiếp nhận dầu trực tiếp vào kho và phải thực hiện chuyển thẳng, Công ty Đông Xuyên được hưởng tỷ lệ hao hụt, chi phí tiếp nhận lên kho. Công ty Đông Xuyên đã sử dụng tàu, xà lan như buồng nổi chứa hàng.
Công ty Vinapco đã thanh toán đầy đủ chi phí hơn 405 triệu lít dầu. Trong đó, có hợp đồng số 60 và 95 đã thực hiện xong nhưng hai bên chưa có biên bản thanh lý.
Tháng 10/2004, Công ty Vinapco bị thanh tra hoạt động kinh doanh, trong đó có nội dung liên quan đến Công ty Đông Xuyên. Ngày 25/10/2004, cơ quan điều tra Bộ Công an khởi tố vụ án Tham ô tài sản. Thời điểm này, hai công ty đã kiểm tra, rà soát, tính chi phí từ tháng 1/2003 tới tháng 10/2004, trong đó có 178 triệu lít dầu không được bơm lên bồn mà chuyển thẳng đi các nơi. Xí nghiệp thương mại dầu khí Hàng không đã thanh toán 3,1 tỷ đồng tiền và 1,09 triệu lít dầu JET A1.
Sau các buổi làm việc, Công ty Đông Xuyên đã chuyển vào tài khoản của Công ty Vinapco tương đương 12 tỷ đồng, trong đó 7 tỷ đồng có ủy nhiệm chi. Quá trình điều tra tại Công ty Vinapco cho thấy, số lượng 1,09 triệu lít dầu là khoản bị khai khống để tư lợi và là vật chứng trong vụ án.
Đến tháng 8/2011, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đình chỉ vụ án hình sự tham ô tài sản. Về vấn đề xử lý vật chứng, cơ quan điều tra trả lại số tiền 12 tỷ đồng cho Công ty Vinapco.
Năm 2012, cho rằng 12 tỷ đồng là tiền chênh lệch phát sinh trong quá trình tiếp nhận, bảo quản, bơm rót, Công ty Đông Xuyên khởi kiện đòi lại số tiền trên.
Vụ kiện này được đưa ra xét xử năm 2012. Tại phiên tòa sơ thẩm lần thứ nhất, Tòa án nhân dân quận Long Biên chấp nhận đơn khởi kiện, tuyên bố biên bản làm việc giữa hai công ty là giao dịch vô hiệu. Công ty Vinapco phải hoàn trả số tiền 11,6 tỷ đồng.
Không đồng ý bản án trên, Công ty Vinapco kháng cáo lên cấp phúc thẩm. Năm 2013, Tòa án nhân dân TP. Hà Nội quyết định giữ nguyên bản án sơ thẩm. Công ty Vinapco tiếp tục khiếu nại theo trình tự giám đốc thẩm. Quyết định của Hội đồng thẩm phán -Tòa án nhân dân tối cao kháng nghị theo hướng hủy 2 bản án sơ thẩm và phúc thẩm.
Năm 2015, vụ việc được đưa ra xét xử sơ thẩm lần thứ 2, Công ty Đông Xuyên thắng kiện. Do đó, ngày 15/6/2016, Công ty Vinapco tiếp tục kháng cáo lên Tòa án nhân dân TP. Hà Nội. Bị đơn cho rằng, cần thiết thu thập hóa đơn, chứng từ để xác định chi phí thực tế của Công ty Đông Xuyên. Trong khi đó, nguyên đơn khẳng định các hợp đồng trên là dạng hợp đồng khoán gọn, “lời ăn lỗ chịu”, thực tế Công ty Đông Xuyên phải bỏ ra chi phí lớn hơn.
Hội đồng xét xử xem xét, nhận định yêu cầu của bị đơn là không cần thiết và kết luận, Công ty Vinapco phải thanh toán số tiền 11,6 tỷ đồng cho Công ty Đông Xuyên.
Như vậy, sau nhiều phiên tòa, các quyết định vẫn là Công ty Vinapco phải trả lại số tiền 11,6 tỷ đồng cho Công ty Đông Xuyên. Liệu Vinapco sẽ tiếp tục kháng cáo hay thực hiện quyết định này, chấm dứt hơn 10 năm đeo đẳng với vụ kiện?
