Trong 2 ngày 9/11 và 10/11/2013 bị ảnh hưởng do bão, để đảm bảo an toàn cho hành khách, VietJetAir phải hủy một số chuyến bay đến và đi từ sân bay Hải Phòng, Vinh, Đà Nẵng, Huế và Quy Nhơn. Một số chuyến bay từ TP. HCM đi Hà Nội và ngược lại không thay đổi lịch bay nhưng phải thay đổi hành trình bay, vòng sang không phận của các nước bạn Lào và Campuchia để tránh bão.
Các hành khách trên các chuyến bay bị hủy do bão đã được VietjetAir không bố trí chuyển sang các chuyến kế tiếp ngay khi thời tiết thuận lợi hơn, hoặc có thể hoàn vé, bảo lưu vé theo nhu cầu của khách hàng. Hãng cũng đã thông tin lịch bay thay đổi qua nhiều kênh truyền thông và cả bằng điện thoại, tin nhắn SMS để đến với khách hàng.
Ngày 11/11/2013, tất cả các chặng bay của VietJetAir đã hoạt động trở lại bình thường. Một số đường bay như TP. HCM - Vinh đã được tăng gấp đôi để phục vụ nhu cầu đi lại của hành khách.
