Theo đó, tổ chức được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy phép thành lập và hoạt động của tổ chức tín dụng; giấy phép thành lập chi nhánh ngân hàng nước ngoài, văn phòng đại diện của tổ chức tín dụng nước ngoài, tổ chức nước ngoài khác có hoạt động ngân hàng; giấy phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán cho các tổ chức không phải là ngân hàng phải nộp lệ phí.
Ngân hàng nhà nước Việt Nam có nhiệm vụ tổ chức thu, kê khai, nộp lệ phí.
Mức thu lệ phí cụ thể: Đối với tổ chức tín dụng, lệ phí cấp giấy phép thành lập và hoạt động của ngân hàng cấp lần đầu là 140 triệu đồng/1 giấy phép và 70 triệu đống/1 giấy phép cấp đổi bổ sung, gia hạn.
Lệ phí cấp giấy phép thành lập và hoạt động của tổ chức tín dụng phi ngân hàng là 70 triệu đồng/1 giấy phép cấp lần đầu và 35 triệu đồng/1 giấy phép cấp đổi, bổ sung và gia hạn.
Lệ phí cấp giấy phép thành lập và hoạt động của tổ chức tài chính vi mô và quỹ tín dụng nhân dân là 200 nghìn đồng/1 giấy phép cấp lần đầu và 100 nghìn đồng/ 1 giấy phép cấp đổi, bổ sung, gia hạn.
Lệ phí cấp giấy phép thành lập chi nhánh ngân hàng nước ngoài, văn phòng đại diện của tổ chức tín dụng nước ngoài, tổ chức nước ngoài khác có hoạt động ngân hàng là 1 triệu đồng/1 giấy phép.
Lệ phí cấp giấy phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán cho các tổ chức không phải là ngân hàng là 10 triệu đồng/1 giấy phép cấp lần đầu và 5 triệu đồng/1 giấy phép cấp lại.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/1/2017.