Trong đó, về cơ quan đầu mối thực thi các chương, Bộ Công Thương chủ trì thực thi Chương 1- Các điều khoản chung; Chương 3 - Quy tắc xuất xứ; Chương 5- Phòng vệ thương mại; Chương 6- Rút lại các ưu đãi đã được thống nhất; Chương 9 - Thương mại Dịch vụ; Chương 10- Hợp tác Kinh tế và Thương mại; Chương 11- Hành chính và Rà soát; Chương 12- Giải quyết tranh chấp; Chương 13- Ngoại lệ.
Bộ Công Thương (đối với các quy định chung và quản lý xuất nhập khẩu); Bộ Tài chính (đối với các nội dung về thuế quan) chủ trì thực thi Chương 2- Thương mại hàng hóa.
Bộ Khoa học và Công nghệ (Tổng cục Tiêu chuẩn và Đo lường chất lượng) chủ trì thực thi Chương 7 - Tiêu chuẩn, Quy chuẩn kỹ thuật và Đánh giá sự phù hợp.Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Vụ Hợp tác Quốc tế và Văn phòng SPS) chủ trì thực thi Chương 8 - Các biện pháp vệ sinh và Kiểm dịch Động thực vật.
Trong quá trình triển khai thực thi Hiệp định, trường hợp cần điều chỉnh để phù hợp với tình hình thực tế, Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
