Cụ thể, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với cơ quan liên quan nghiên cứu, báo cáo Thủ tướng Chính phủ vấn đề báo VOV và Đầu tư chứng khoán phản ánh ngày 14/7/2017.
VOV phản ánh, Ngân hàng Thế giới (WB) khuyến nghị cải cách thuế ở Việt Nam theo hướng đẩy mạnh huy động thu nội địa; mở rộng cơ sở thu thuế giá trị gia tăng, tăng thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt, bổ sung đối tượng thuế bảo vệ môi trường (theo thông lệ quốc tế thường chỉ một mức thuế suất thuế giá trị gia tăng duy nhất và diện miễn giảm rất hạn chế; trong khi Việt Nam quy định 26 nhóm mặt hàng không chịu thuế giá trị gia tăng, 15 nhóm mặt hàng chịu thuế 5%).
Báo Đầu tư Chứng khoán trong bài Vụ thu phí cảng biển Hải Phòng: VPSF và 5 hiệp hội tiếp tục có công văn kiến nghị lên Phó Thủ tướng phản ánh: Lo lắng gánh mức phí cao, làm ảnh hưởng tới năng lực cạnh tranh và các cơ hội kinh doanh của doanh nghiệp, Diễn đàn Kinh tế tư nhân (VPSF) và 5 hiệp hội (Hội doanh nhân trẻ, Hiệp hội Dệt may, Hiệp hội doanh nghiệp Logistics, Hiệp hội Bông sợi, Hiệp hội Da giày và Túi xách Việt Nam) tiếp tục kiến nghị về việc tổ chức đối thoại công - tư, xem xét điều chỉnh mức thu phí cửa khẩu cảng biển Hải Phòng.
Theo công văn của VPSF và các hiệp hội, theo Thông báo số 88/TB- HĐND ngày 13/6/2017 về triệu tập kỳ họp thứ 5 của HĐND TP. Hải Phòng khoá XV (nhiệm kỳ 2016 - 20121), diễn ra từ ngày 11-13/7/2017, các nội dung chính của kỳ họp này không có hạng mục nào gắn với việc xem xét điều chỉnh mức thu phí sử dụng kết cấu hạ tầng cảng biển Hải Phòng hoặc xem xét báo cáo/đề xuất của UBND Thành phố liên quan tới phí cửa khẩu cảng biển Hải Phòng.
Trước đó, ngày 16/5/2017, Văn phòng Chính phủ có văn bản số 5036/VPCP-KTTH thông báo ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ về vấn đề phí hạ tầng cửa khẩu cảng biển Hải Phòng, yêu cầu UBND TP. Hải Phòng xem xét các kiến nghị của doanh nghiệp, báo cáo HĐND Thành phố trong kỳ họp sớm nhất để điều chỉnh mức thu phí theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí và phù hợp khả năng chi trả của doanh nghiệp.
Theo VPSF, đây là chỉ đạo có ý nghĩa rất lớn, cổ vũ tinh thần cho cộng đồng doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xuất khẩu, nhập khẩu.
Tinh thần chỉ đạo cho thấy, Chính phủ luôn quan tâm, lắng nghe, tháo gỡ rất kịp thời những khó khăn, vướng mắc cho doanh nghiệp; hỗ trợ doanh nghiệp nâng cao năng lực cạnh tranh ở quy mô quốc gia cũng như trong khu vực, quốc tế.
Cộng đồng doanh nghiệp tin tưởng, chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ sẽ được các bên liên quan thực hiện nghiêm túc, trên tinh thần hợp tác công - tư minh bạch, rõ ràng, phát huy tính đồng trách nhiệm của các bên trong quá trình phấn đấu đạt các mục tiêu tăng trưởng kinh tế, xã hội.
Liên các hiệp hội cho biết, về phía doanh nghiệp đã rất tích cực gửi các ý kiến, quan điểm chính thống liên quan tới vụ việc cho các Bộ và địa phương cùng nắm để cùng trao đổi, tìm giải pháp.
Tuy nhiên, UBND TP. Hải Phòng chưa tổ chức gặp gỡ, trao đổi, gửi tài liệu hay đối thoại công khai nào với đại diện các hiệp hội ngành hàng, dịch vụ xuất nhập khẩu chính (đang có kiến nghị về việc thu phí) kể từ khi quyết định thu phí được áp dụng, trong khi Hải Phòng đã thu trong 6 tháng đầu năm 2017 tổng số tiền ước tính hàng nghìn tỷ.