Bệnh viện đặt trụ sở chính tại TP. Hà Nội, hiện đang hoạt động khám, chữa bệnh cho cán bộ, công nhân viên chức trong ngành giao thông vận tải và nhân dân trong khu vực.
Bệnh viện Nam Thăng Long là đơn vị sự nghiệp công lập, hoạt động theo cơ chế hạch toán tự trang trải.
Trước đó, Bộ Giao thông Vận tải đã báo cáo và đề nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, cho phép Bộ được thí điểm cổ phần hóa Bệnh viện. Trong kế hoạch đã xây dựng, Bộ dự kiến thực hiện cổ phần hóa tất cả các cơ sở y tế và các trường cao đẳng, trung học nghề trực thuộc.