Vốn điều lệ của Tập đoàn được Chính phủ phê duyệt tại Nghị định 190/2013 là 16.000 tỷ đồng, nhưng vốn chủ sở hữu của Công ty mẹ tại thời điểm 30/6/2016 là 13.818 tỷ đồng. Điều này khiến Vinachem gặp khó khăn trong bố trí nguồn vốn trả nợ và triển khai các dự án đầu tư. Bởi vậy, Vinachem kiến nghị cơ quan quản lý cho phép tăng vốn thông qua phát hành cổ phiếu trị giá ít nhất 5.000 tỷ đồng khi cổ phần hóa Công ty mẹ trong giai đoạn 2017 - 2019.
Theo Quyết định 58/2016 của Thủ tướng Chính phủ về tiêu chí phân loại doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp có vốn nhà nước và danh mục doanh nghiệp nhà nước thực hiện sắp xếp giai đoạn 2016 - 2020, Vinachem nằm trong diện cổ phần hóa với tỷ lệ vốn điều lệ nhà nước nắm giữ sau cổ phần hóa là trên 50% đến dưới 65%.