Theo UBND Thành phố, tiến độ thực hiện Dự án Bảo tàng Hà Nội đã chậm hơn so với các chỉ đạo của Thành phố. Việc chậm này có nguyên nhân chủ yếu vì lãnh đạo Sở Xây dựng Hà Nội và Sở Văn hóa thể thao và Du lịch chưa quan tâm và nghiêm túc thực hiện chỉ đạo của UBND Thành phố.
Để hoàn thành Dự án Bảo tàng Hà Nội, UBND Thành phố cho biết, đã đồng ý cho phép điều chỉnh thiết kế kho lưu trữ, bố cục lại không gian theo đề xuất của Sở Xây dựng.
Dự án Bảo tàng Hà Nội là dự án được thực hiện theo hình thức BT, có vốn đầu tư trên 2.000 tỷ đồng. Dự án mới đưa vào sử dụng từ năm 2011, tuy nhiên, hiện rất nhiều hạng mục đã xuống cấp, hư hỏng.
