Trong số các bị can có ông Đinh La Thăng, cựu Chủ tịch HĐQT Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN); ông Vũ Thanh Hà, cựu Tổng giám đốc CTCP Hóa dầu và nhiên liệu sinh học dầu khí (PVB); ông Phạm Xuân Diệu, cựu Tổng giám đốc Tổng CTCP Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC)...
Cơ quan điều tra xác định, từ năm 2008, PVN có báo cáo gửi Bộ Công thương về 3 dự án nhiên liệu sinh học tại 3 miền Bắc, Trung và Nam. Sau đó, PVN thành lập Ban chỉ đạo triển khai các dự án nhiên liệu sinh học, do ông Thăng làm Trưởng ban.
Năm 2007, PVB được thành lập để thực hiện dự án xây dựng nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu khu vực phía Bắc. Nhà máy có tổng mức đầu tư 1.317 tỷ đồng, đặt tại huyện Tam Nông, Phú Thọ, diện tích sử dụng 517.981 m2, công suất 100.000m3/năm, dự kiến tháng 10/2010 bàn giao đưa vào sử dụng.
Tại thời điểm thành lập, PVB có vốn điều lệ 405 tỷ đồng, trong đó Tổng công ty Dầu Việt Nam (PV Oil) góp 29% vốn, Tổng công ty Tài chính cổ phần dầu khí Việt Nam - PVFC (nay là PVcomBank) góp 10%, Tổng công ty Dung dịch khoan và hóa phẩm dầu khí (PV Chem) góp 10%.
Tháng 9/2008, PVB phê duyệt hồ sơ mời sơ tuyển gói thầu TK05 “Chìa khóa trao tay” xây dựng nhà máy. Để tham dự đấu thầu, PVC đã thành lập Liên danh nhà thầu PVC - Alfa Laval - Delta T.
Tại thời điểm đóng sơ tuyển, có 6 nhà thầu nộp hồ sơ tham dự, bao gồm cả PVC - Alfa Laval - Delta T. Kết quả chấm thầu, đơn vị tư vấn là CTCP Thiết kế công nghiệp hóa chất CECO đánh giá, cả 6 đơn vị đều chưa đạt 100% tiêu chí. Trong đó, PVC - Alfa Laval - Delta T chưa đạt các tiêu chí về năng lực tư vấn thiết kế, năng lực kỹ thuật, năng lực xây dựng chưa đạt, báo cáo tài chính năm 2006 thể hiện sự thua lỗ.
Mặc dù biết PVC chưa từng thực hiện dự án nào về lĩnh vực Ethanol và tình hình tài chính khó khăn, nhưng từ trước khi PVB lựa chọn nhà thầu, ông Thăng đã chủ trì nhiều cuộc họp và kết luận cho phép ưu tiên giao thầu cho PVC, cho phép chỉ định thầu một số dự án cho PVC...
Theo định hướng này, PVC có văn bản gửi PVB, PVN xin chỉ định thực hiện dự án Ethanol Phú Thọ, nhưng PVB không đồng ý. PVC tiếp tục có văn bản gửi PVN xin chỉ định thầu. Tại công văn này, ông Thăng có bút phê yêu cầu cấp dưới thực hiện theo chủ trương chung của Tập đoàn.
Sau đó, PVN đã có văn bản chỉ đạo người đại diện phần vốn của PVN tại các đơn vị thành viên là PV Chem, PVFC và có văn bản gửi PVOil yêu cầu giao PVC thực hiện gói thầu EPC theo hình thức chỉ định thầu.
Kết luận chỉ đạo việc chỉ định thầu được ra tại một số cuộc họp của PVN về nhiên liệu sinh học với sự tham gia của PVOil, PVC, PVB... Từ đây, PVB chuyển sang chỉ định thầu cho PVC, chỉnh sửa hồ sơ yêu cầu để Liên danh PVC - Alfa Laval - Delta T trúng thầu.
Thực tế, hồ sơ yêu cầu do PVB lập ra không xác định cấp công trình, không đưa ra các câu hỏi đánh giá về năng lực, kinh nghiệm, vi phạm quy định tại Điều 5, Điều 7, Điều 10 - Luật Xây dựng. Hồ sơ yêu cầu không có phần yêu cầu và đánh giá năng lực, kinh nghiệm của nhà thầu, phương pháp đánh giá kỹ thuật không đúng quy định tại Điều 41 - Nghị định 58/2008 hướng dẫn Luật Đấu thầu.
Hồ sơ đề xuất do PVC/Alfa Laval/Delta-T lập không đưa ra chứng chỉ hành nghề, giấy chứng nhận với các vị trí như chủ nhiệm thiết kế, chủ trì thiết kế công trình...
Tại cuộc họp ngày 7/5/2009, ông Thăng ra chỉ đạo, PVC và PVB tiếp tục đàm phán giá EPC đến ngày 24/5/2009. Nếu PVC chấp thuận giá của chủ đầu tư thì giao cho Tổng công ty thực hiện các phần việc tương ứng của gói thầu này.
Đến ngày 10/6/2009, PVB ký thỏa thuận hợp đồng EPC với PVC, giá trọn gói là hơn 59,1 triệu USD.
Sau này, khi dự án không thực hiện đúng tiến độ, PVC đã thừa nhận việc Liên danh PVC - Alfa Laval - Delta T không đủ năng lực, kinh nghiệm thực hiện gói thầu nên bị chậm tiến độ và đề xuất chủ đầu tư hoặc một đơn vị khác thuộc PVN tiếp quản toàn bộ hiện trạng. Đến tháng 3/2013, dự án dừng thi công.
Cơ quan điều tra xác định, PVB đã thanh toán cho PVC tổng cộng hơn 610 tỷ đồng, thanh toán cho Alfa Laval số tiền 236 tỷ đồng.
Chủ đầu tư đã sử dụng 1.467 tỷ đồng, vay của 2 ngân hàng số tiền 754 tỷ đồng. PVB đã trả lãi vay 125 tỷ đồng, số nợ lãi còn lại là 417 tỷ đồng. Vì ngân hàng không miễn giảm nợ lãi và gốc, nên số tiền thiệt hại được xác định là toàn bộ số tiền lãi phát sinh mà PVB đã trả và số tiền nghĩa vụ phải trả, tổng cộng là 543 tỷ đồng.
