Quyết toán thuế thuế thu nhập doanh nghiệp 2025: Những điểm cần lưu ý

(ĐTCK) Kỳ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) năm 2025 đang đến gần, doanh nghiệp cần lưu ý một số quy định mới để thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, hạn chế rủi ro pháp lý phát sinh.
Doanh nghiệp nhỏ và vừa có nhiều ưu đãi về thuế

Điểm mới về chi phí được trừ, ưu đãi, chuyển lỗ

Theo ông Nguyễn Văn Được, Tổng giám đốc Công ty TNHH Kế toán và Tư vấn Thuế Trọng Tín, về cơ bản Luật Thuế TNDN (sửa đổi), có hiệu lực từ 1/10/2025 và các văn bản hướng dẫn (Nghị định 320/2025/NĐ-CP) đã kế thừa các chính sách thuế TNDN trước đây, có cập nhật và điều chỉnh về mặt kỹ thuật, cũng như sửa đổi bổ sung các chính sách nhằm đồng bộ với các quy định của pháp luật có liên quan và phù hợp với thực tiễn như: quy định mở rộng đối tượng nộp thuế là doanh nghiệp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, doanh nghiệp kinh doanh nền tảng số, bổ sung các khoản thu nhập mới, bổ sung thu nhập miễn thuế, thu nhập và thuế tối thiểu toàn cầu… Trong đó, một số điểm mới quan trọng như sau:

Thứ nhất, về hiệu lực thi hành của Luật Thuế TNDN (sửa đổi) và các văn bản hướng dẫn mặc dù có hiệu lực từ ngày 1/10/2025, nhưng được áp dụng cho kỳ tính thuế năm 2025. Có nghĩa là mặc dù tháng 10/2025 mới có hiệu lực, nhưng các chính sách có lợi cho người nộp thuế và doanh nghiệp vẫn được đảm bảo áp dụng từ tháng 1/2025, các doanh nghiệp cần lưu ý để thực hiện và tránh bỏ qua các chính sách này.

Thứ hai, về chi phí được trừ, luật vẫn giữ bốn nguyên tắc cơ bản: chi phí phải phát sinh trên thực tế, liên quan đến hoạt động kinh doanh; có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp; phải thanh toán không dùng tiền mặt; không thuộc các trường hợp không được trừ.

Tuy nhiên, luật làm rõ các khoản được trừ mặc dù không đáp ứng tất cả các điều kiện trên nhưng vẫn được trừ như chi phí tài trợ y tế, giáo dục, khắc phục hậu quả, thiên tai, chi phí hỗ trợ các công trình công cộng…, quy định chặt chẽ hơn các khoản không được trừ như lãi vay tương ứng phần vốn điều lệ chưa góp đủ, lãi vay vượt mức khống chế, trích lập dự phòng sai quy định, chi phí chưa tương xứng với doanh thu, chi phí vi phạm pháp luật chuyên ngành và nhiều khoản mục chi phí khác.

Thứ ba, Luật Thuế TNDN (sửa đổi) đã cụ thể hóa Nghị quyết 57-NQ/TW của Trung ương, cũng như đảm bảo chiến lược phát triển kinh tế dài hạn khi cho phép tính vào chi phí được trừ 200% đối với các khoản chi cho R&D, khuyến khích chi phí đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số, giảm phát thải và trung hòa carbon là các khoản chi phí được trừ.

Thứ tư, điểm mới khá quan trọng khác là Luật đã hạ mức phải thanh toán không dùng tiền mặt từ 20 triệu xuống 5 triệu đồng đối với các giao dịch thanh toán, bao gồm cả thanh toán lương và các khoản thanh toán khác có liên quan đến các giao dịch phát sinh chi phí. Tuy nhiên, quy định này chỉ áp dụng từ tháng 10/2025 mà không bắt buộc từ tháng 1/2025. Nghĩa là các giao dịch trước tháng 10/2025 chỉ phải thanh toán không dùng tiền mặt nếu có giá trừ từ 20 triệu đồng trở lên.

Thứ năm, về chuyển lỗ, Luật đã linh động hơn nhưng vẫn giữ nguyên tắc liên tục và tối đa không quá 5 năm, đồng thời không được chuyển lỗ đối với chuyển nhượng bất động sản và một số lĩnh vực đặc thù khác vào hoạt động kinh doanh.

Thứ sáu, về thuế suất thuế TNDN phổ thông là 20% (doanh thu trên 50 tỷ/năm) và có các mức thuế suất cho doanh nghiệp vừa và nhỏ 15% (doanh thu dưới 3 tỷ/năm) và 17% (doanh thu trên 3 tỷ và dưới 50 tỷ), trừ trường hợp các doanh nghiệp này có quan hệ liên kết mà một trong các doanh nghiệp này không thỏa mãn điều kiện về quy mô doanh thu.

Thứ bảy, Luật cũng đã bổ sung nhiều chính sách ưu đãi, hỗ trợ thuế TNDN cho các lĩnh vực theo tinh thần của Nghị quyết 57-NQ/TW, Nghị quyết 68-NQ/TW và Nghị quyết 198/2025/QH15 theo hướng gia tăng ưu đãi, hỗ trợ về mức, thời gian và phương pháp ưu đãi phù hợp hơn, có tính khả thi hơn và đảm bảo đúng đối tượng được ưu đãi, hỗ trợ.

“Đơn cử như cho phép trích lập quỹ khoa học và công nghệ tối đa 20%, chính sách miễn thuế 2 năm kể từ năm có thu nhập khi hộ kinh doanh chuyển đổi lên doanh nghiệp, hoặc doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế 3 năm kể từ năm được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Cần lưu ý, các doanh nghiệp thành lập từ năm 2023 trở về sau cũng được áp dụng chính sách này”, ông Được nói.

Thủ tục đơn giản, dễ dàng thực hiện qua mạng

Luật Thuế TNDN (sửa đổi) đã bổ sung nhiều chính sách ưu đãi, hỗ trợ thuế TNDN cho các lĩnh vực theo tinh thần của Nghị quyết 57-NQ/TW, Nghị quyết 68-NQ/TW và Nghị quyết 198/2025/QH15 theo hướng gia tăng ưu đãi, hỗ trợ về mức, thời gian và phương pháp ưu đãi phù hợp hơn.

Đề cập đến những điểm mới của Luật Thuế TNDN (sửa đổi), bà Lê Thị Yến - Giám đốc Công ty TNHH Tư vấn thuế Hà Nội cho biết, có hai thay đổi mang tính cốt lõi và tác động sâu rộng nhất đến cộng đồng doanh nghiệp.

Thứ nhất, áp dụng thuế suất ưu đãi riêng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa (SME).

“Luật số 67/2025/QH15 quy định mức thuế suất 15% cho doanh nghiệp có doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng và 17% cho doanh nghiệp có doanh thu từ trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng. Đây là thay đổi có tác động tích cực lớn nhất, vì nó trực tiếp nuôi dưỡng nguồn thu, hỗ trợ đại đa số các doanh nghiệp tại Việt Nam tích lũy vốn để tái đầu tư. Quy định về thuế suất SME ảnh hưởng trực tiếp đến lợi nhuận sau thuế”, bà Yến nói.

Thứ hai, giảm ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt xuống còn 5 triệu đồng. Trước đây, ngưỡng bắt buộc để được tính vào chi phí được trừ và khấu trừ thuế giá trị gia tăng là 20 triệu đồng, nhưng quy định mới đã siết chặt xuống mức 5 triệu đồng.

“Thay đổi này tác động mạnh mẽ đến quy trình vận hành kế toán hàng ngày của mọi doanh nghiệp, buộc họ phải thay đổi thói quen chi tiêu và quản lý chứng từ khắt khe hơn để không bị loại bỏ chi phí hợp lý. Ngưỡng thanh toán 5 triệu đồng ảnh hưởng đến tính tuân thủ nghiệp vụ của mọi loại hình doanh nghiệp, từ siêu nhỏ đến lớn”, bà Yến chia sẻ.

Về thủ tục quyết toán thuế, bà Yến cho biết, việc thay đổi thủ tục quyết toán thuế trong Luật Thuế TNDN (sửa đổi) theo hướng vừa đơn giản hóa, vừa tăng cường kiểm soát rủi ro. Thể hiện ở việc Luật đã cụ thể hóa quy định số hóa và đồng bộ dữ liệu. Người nộp thuế không phải nộp lại các chứng từ mà cơ quan nhà nước đã có sẵn trong hệ thống cơ sở dữ liệu. Việc chuyển đổi mạnh mẽ sang hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền giúp việc tổng hợp dữ liệu quyết toán trở nên tự động và chính xác hơn.

Luật cũng đã phân quyền, phân cấp triệt để: Nghị định 122/2025/NĐ-CP đẩy mạnh phân cấp thẩm quyền cho địa phương, giúp giải quyết các thủ tục như xóa nợ, khoanh nợ hoặc giải quyết hồ sơ tại chỗ nhanh chóng hơn.

Cơ chế bù trừ lỗ linh hoạt: cho phép lỗ từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản được bù trừ hai chiều với lãi từ hoạt động kinh doanh, giúp doanh nghiệp tối ưu hóa số thuế phải nộp trong kỳ quyết toán.

Cùng với việc đẩy mạnh cải cách hành chính theo hướng tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin, khai thác từ cơ sở dữ liệu có sẵn để giảm thiểu giấy tờ, Luật Thuế TNDN (sửa đổi) cũng có quy định chặt chẽ hơn nhằm kiểm soát, tránh rủi ro, đó là cơ chế xác minh hóa đơn (F0).

“Để được hoàn thuế hoặc khấu trừ ổn định, doanh nghiệp phải đảm bảo người bán đã kê khai và nộp thuế đầy đủ. Điều này đòi hỏi doanh nghiệp phải có quy trình đánh giá rủi ro nhà cung cấp cực kỳ chuyên nghiệp”, bà Yến thông tin.

Một quy định khác là kiểm soát khi đăng ký hóa đơn điện tử: hệ thống của Cục Thuế sẽ tự động đối chiếu thông tin người đại diện pháp luật với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư. Nếu doanh nghiệp có chủ sở hữu thuộc danh sách rủi ro cao, hoặc giao dịch đáng ngờ, việc sử dụng hóa đơn sẽ bị đình trệ ngay lập tức.

Ngoài ra, thủ tục điều chỉnh hóa đơn sai sót cũng có quy định mới, đó là bỏ việc tự ý "hủy" hóa đơn, thay vào đó chỉ cho phép "điều chỉnh" hoặc "thay thế" và bắt buộc phải có văn bản thỏa thuận giữa hai bên đối với các sai sót về tiền thuế, mã số thuế.

Về thuế tối thiểu toàn cầu (IIR), Luật quy định đối với các tập đoàn lớn phải kê khai và nộp thuế TNDN bổ sung theo quy định chống xói mòn cơ sở thuế toàn cầu.

Nhật Minh

Tin liên quan

Tin cùng chuyên mục