Hiện nay, trực tiếp chỉ đạo công tác này là Ban Chỉ đạo Quốc gia về phòng, chống rửa tiền (PCRT) và Trưởng ban là Phó Thủ tướng thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình, các thành viên Ban chỉ đạo là lãnh đạo của 15 bộ, ngành có liên quan. Ngân hàng Nhà nước Việt Nam (NHNN) là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo.
Từ khi thành lập đến nay, Ban Chỉ đạo đã ban hành 5 Kế hoạch hành động Quốc gia về PCRT và tài trợ khủng bố nhằm giải quyết, khắc phục những thiếu hụt về cơ chế PCRT của Việt Nam theo các thời kỳ.
Ngoài ra còn các Bộ, ngành liên quan chịu trách nhiệm trong việc giám sát, kiểm tra các hoạt động PCRT và tài trợ khủng bố (TTKB) như:
-Cục Phòng, chống rửa tiền (AMLD) là đơn vị trực thuộc Cơ quan Thanh tra, giám sát ngân hàng thuộc NHNN hoạt động với vai trò là Đơn vị tình báo tài chính (FIU) của Việt Nam. AMLD có chức năng thu thập, xử lý và chuyển giao thông tin về hành vi rửa tiền và TTKB.
-NHNN là cơ quan đầu mối xây dựng văn bản quy phạm pháp luật về công tác PCRT; chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan định kỳ đánh giá rủi ro rửa tiền tại Việt Nam; xây dựng, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt, ban hành chiến lược, kế hoạch quốc gia về PCRT; ban hành văn bản hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về PCRT.
-Bộ Công an có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với các cơ quan, tổ chức và cá nhân liên quan trong phát hiện, điều tra và xử lý tội phạm về rừa tiền/TTKB và các tội phạm có liên quan.
-Viện kiểm sát nhân dân là hệ thống cơ quan Nhà nước độc lập trong cơ cấu tổ chức bộ máy của các cơ quan Nhà nước, thực hành quyền công tố, kiểm sát hoạt động tư pháp của Việt Nam. Viện kiểm sát nhân dân là cơ quan thực hiện tố tụng các vụ rửa tiền sau khi điều tra.
-Tòa án nhân dân có trách nhiệm xét xử các vụ án rửa tiền, khủng bố và tài trợ khủng bố và các tội phạm khác theo quy định của Bộ luật hình sự.
- Thanh tra Chính phủ là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật.
-Về quản lý chuyên ngành, Bộ Tư pháp thực hiện chức năng quản lý và giám sát, thanh tra việc triển khai các biện pháp PCRT áp dụng cho đối tượng báo cáo là luật sư, tổ chức hành nghề luật sư; công chứng viên, tổ chức cung ứng dịch vụ công chứng.
-Về quản lý chuyên ngành, Bộ Tài chính có vai trò phối hợp với NHNN Việt Nam quản lý, giám sát việc triển khai các biện pháp PCRT của các đối tượng báo cáo thực hiện một hoặc một số hoạt động sau: Tư vấn, bảo lãnh phát hành chứng khoán, đại lý phân phối chứng khoán; quản lý danh mục vốn đầu tư; quản lý tiền mặt hoặc chứng khoán cho tổ chức, cá nhân khác; cung ứng dịch vụ bảo hiểm, đầu tư có liên quan đến bảo hiểm nhân thọ; cung ứng dịch vụ kế toán; kinh doanh trò chơi có thưởng, casino. Chỉ đạo cơ quan hải quan cung cấp thông tin thu thập được về việc vận chuyển tiền mặt, kim loại quý, đá quý và công cụ chuyển nhượng qua biên giới theo quy định của Luật PCRT.
-Ủy ban chứng khoán Nhà nước phối hợp với NHNN quản lý, giám sát việc triển khai các biện pháp PCRT của các đối tượng báo cáo trong lĩnh vực chứng khoán.
-Bộ Quốc phòng/Bộ đội biên phòng/Kiểm lâm: Những cơ quan này giữ vai trò quan trọng trong phối hợp chặt chẽ với cơ quan hải quan ngăn chặn các hoạt động bất hợp pháp qua biên giới.
-Bộ Ngoại giao có trách nhiệm thực hiện các nghĩa vụ của Việt Nam liên quan đến hiệp ước và công ước quốc tế, kể cả Nghị quyết của Hội đồng bảo an Liên hợp quốc. Bộ Ngoại giao là cơ quan đầu mối quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài. Bộ Ngoại giao là thành viên của Ủy ban Công tác về các tổ chức phi Chính phủ nước ngoài.
-Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các đơn vị của Bộ ở cấp tỉnh chịu trách nhiệm về việc đăng ký, quản lý và giám sát các doanh nghiệp kinh doanh theo Luật Doanh nghiệp.
-Bộ Xây dựng: Bộ Xây dựng chịu trách nhiệm chính về quản lý, giám sát, thanh tra việc triển khai các biện pháp PCRT của các đối tượng báo cáo trong lĩnh vực bất động sản.
-Bộ Công Thương: Bộ Công Thương chịu trách nhiệm chính về quản lý, giám sát, thanh tra việc triển khai các biện pháp PCRT của các đối tượng báo cáo trong lĩnh vực kinh doanh kim loại quý, đá quý.
-Bộ Nội vụ: Bộ Nội vụ thực hiện quản lý nhà nước về tổ chức, hoạt động của quỹ; thanh tra, kiểm tra, giám sát về tổ chức, hoạt động của quỹ. Bộ Nội vụ là thành viên của Ủy ban Công tác về các tổ chức phi chính phủ nước ngoài.
-Ủy ban Công tác về các tổ chức phi chính phủ nước ngoài: giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, giải quyết những vấn đề liên quan đến các tổ chức phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam.
-Ủy ban nhân dân thực hiện, chỉ đạo việc phổ biến, giáo dục pháp luật về PCRT tại địa phương; Phối hợp với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền triển khai và đôn đốc thực hiện các đường lối, chính sách, chiến lược, kế hoạch PCRT; phát hiện, xử lý kịp thời, nghiêm minh các hành vi vi phạm pháp luật về PCRT theo thẩm quyền.
