Theo truy tố, PVC-ME được Tổng CTCP Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC - mã PVX) phê duyệt đề án thành lập vào năm 2009. Vốn điều lệ ban đầu là 200 tỷ đồng, đến năm 2010 nâng lên 500 tỷ đồng. Tổng công ty PVC góp 200 tỷ đồng, chiếm 40 % vốn điều lệ. Trịnh Văn Thảo (hiện bỏ trốn) được bổ nhiệm làm Giám đốc, Vũ Duy Thành là Chủ tịch HĐQT.
Thời gian lãnh đạo PVC-ME, bị cáo Trịnh Văn Thảo đã thực hiện hàng loạt hành vi cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý tài sản, tiền vốn, rút tiền quỹ của Công ty để chi tiêu trái quy định, để ngoài sổ sách kế toán hơn 85 tỷ đồng.
Hành vi sai trái của các lãnh đạo, cán bộ PVC-ME bị lộ khi Thanh tra Tập đoàn Dầu khí Việt Nam tiến hành kiểm tra vào cuối năm 2012. Ngay thời điểm thanh tra vào cuộc, bị cáo Trịnh Văn Thảo “lẳng lặng” xuất cảnh sang Mỹ.
Cơ quan điều tra đã làm rõ, trong thời gian từ tháng 11/2009 đến tháng 4/2011, Trịnh Văn Thảo đã chỉ đạo cấp dưới là Bùi Trọng Trinh (kế toán trưởng), Phạm Thị Hải Hà (thủ quỹ) và một số nhân viên khác lập quỹ trái quy định, rút hơn 47 tỷ đồng không có chứng từ chi theo quy định để “chạy dự án”, chi phí đối ngoại và lập quỹ để ngoài sổ sách.
Việc rút tiền quỹ và giao nhận tiền giữa Trịnh Văn Thảo, Bùi Trọng Chinh và các nhân viên cấp dưới không có giấy tờ biên nhận, nhưng được bị cáo Phạm Thị Hải Hà (thủ quỹ), theo dõi ghi chép trên 5 quyển sổ quỹ và 1 file excel. Hàng tháng, bị cáo Hà đều báo cáo cấp trên số tiền rút ra từ quỹ để Trịnh Văn Thảo “xử lý”.
Nhằm che giấu hành vi phạm pháp, Giám đốc của PVC-ME đã chỉ đạo một số cán bộ là chỉ huy công trường và lãnh đạo các phòng ban thuộc Công ty ký và viết giấy đề nghị tạm ứng kèm phiếu chi, nhưng không được nhận tiền để hợp thức hóa sổ sách. Đồng thời ký khống nhiều hợp đồng thi công để duyệt thanh toán.
Biết rõ chỉ đạo của cấp trên là trái nguyên tắc và vi phạm pháp luật, bị cáo Bùi Trọng Chinh vẫn yêu cầu nhân viên lập “quỹ đen”. Trước tòa, các bị cáo thừa nhận làm việc theo chỉ đạo của Trịnh Văn Thảo, bản thân không được hưởng lợi. Công ty PVC-ME cũng có đơn xem xét xin giảm nhẹ hình phạt đối với các bị cáo.
Trong vụ án này, cơ quan tố tụng xác định nghi can Trịnh Văn Thảo là chủ mưu tổ chức thực hiện tội phạm.
Bên cạnh đó, giữ vai trò đồng phạm, bị cáo Bùi Trọng Trinh đã yêu cầu thủ quỹ rút 42,5 tỷ đồng tiền quỹ của Công ty để chi tiêu trái nguyên tắc, để ngoài sổ sách kế toán; thu 29,8 tỷ đồng của 16 cán bộ, nhân viên Công ty PVC-ME cùng 4 đối tác để lập “quỹ đen”. Trong số tiền này, bị cáo Chinh đã rút ra hơn 51 tỷ đồng đưa cho Thảo và chi hơn 3 tỷ đồng cho một số người, nhưng không có giấy tờ chứng minh.
Ngoài ra, bị cáo Bùi Trọng Chinh còn ký tên trên 9 phiếu chi và 2 ủy nhiệm chi trái quy định, dẫn đến doanh nghiệp này chưa thể thu hồi được gần 7,8 tỷ đồng; ký vào mục kế toán trưởng 3 ủy nhiệm chi tổng cộng hơn 7,8 tỷ đồng trong việc thanh toán 3 hợp đồng kinh tế khống.
Hành vi của các bị cáo, bị can đã gây thiệt hại cho Công ty PVC-ME gần 47 tỷ đồng; gây thiệt hại Ngân sách hơn 1,1 tỷ đồng và gây thiệt hại tới một doanh nghiệp khác 4 tỷ đồng.
Do nghi can Trịnh Văn Thảo bỏ trốn, nên cơ quan điều tra ra lệnh truy nã đặc biệt, Interpol đã ra lệnh truy nã quốc tế để truy bắt.
Sau khi Tòa án Nhân dân tối cao tại Hà Nội xét xử, 6 bị cáo nguyên là lãnh đạo, cán bộ của PVC-ME được giảm án từ 1-2 năm tù. Một bị cáo được giảm án từ 6 năm tù xuống còn 3 năm tù cho hưởng án treo.
Riêng bị cáo Bùi Trọng Trinh (kế toán trưởng, Phó giám đốc Công ty) tại tòa xuất trình tài liệu có 540 triệu đồng mua cổ phần của Công ty và có mong muốn dùng số cổ phần này để khắc phục hậu quả. Tuy nhiên, Công ty PVC-ME chưa xác định mệnh giá cổ phiếu, nên tòa không có căn cứ xem xét giá cổ phiếu là bao nhiêu. Do không có tình tiết mới, bị cáo này bị giữ nguyên mức án sơ thẩm là 15 năm tù.