Hiện MPC có 10 công ty con về nuôi trồng, cảng, chuỗi cung ứng, giống, sản xuất chế phẩm sinh học, thủy hải sản..., cùng 3 công ty liên kết về hạ tầng và logistics.
Việc MPC lập nhiều công ty con, trong đó có cả công ty con ở Mỹ hỗ trợ việc xuất khẩu, theo giới phân tích, không hẳn là ưu việt. Đơn cử, đã có những ý kiến chất vấn Ban lãnh đạo MPC về việc tại sao không xuất khẩu trực tiếp cho khách hàng Mỹ, mà phải ký hợp đồng qua công ty con.
Năm 2015, hoạt động kinh doanh của MPC sa sút khi doanh thu đạt 12.287 tỷ đồng, giảm 19%; lãi sau thuế 12 tỷ đồng, giảm 99% so với năm 2014.
