Khu liên hợp lọc hóa dầu Nghi Sơn (Thanh Hóa) là một trong những dự án đầu tư nước ngoài lớn, tổng mức đầu tư hơn 9 tỷ USD. Ban quản lý dự án đã ký hợp đồng san lấp mặt bằng giai đoạn 1 và giai đoạn 2 dự án với Tổng công ty Xây lắp Dầu khí Việt Nam (PVC).
Năm 2009, chi nhánh xây lắp dầu khí Hà Nội - PVC ký hợp đồng thầu phụ với Công ty cổ phần Xây dựng Hạ tầng Kỹ thuật Gia Lộc (Gia Lộc), do Nguyễn Gia Tự làm Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng giám đốc, về việc thuê thiết bị thi công.
Theo cáo trạng, Công ty Gia Lộc không được thi công san lấp mặt bằng Dự án khu liên hợp lọc hóa dầu Nghi Sơn, nhưng Thiều Thị Bản, phó giám đốc công ty này, gặp ông Đỗ Danh Khánh, Giám đốc Công ty cổ phần Xuất nhập khẩu Thịnh An (Thịnh An) đề nghị hợp tác thực hiện việc san lấp mặt bằng dự án. Theo lời Thiều Thị Bản, Công ty Gia Lộc được nhận thầu san lấp mặt bằng dự án giai đoạn 2, Công ty Thịnh An muốn hợp tác liên danh phải nộp tiền bảo lãnh hợp đồng là 1 tỷ đồng.
Ngày 8/9/2009, hai bên ký kết hợp đồng liên danh nội dung san lấp mặt bằng dự án, từ cốt +3,5m đến +6,1m; cam kết ngày 30/11/2009 sẽ ký kết hợp đồng chính thức liên doanh nhận thầu.
Do không có chức năng san lấp mặt bằng và để được hưởng lợi 2% giá trị hợp đồng, Công ty Thịnh An đã ký hợp đồng hợp tác thi công với Công ty cổ phần Đầu tư và Xây dựng Toàn Đức (Toàn Đức). Công ty Toàn Đức nhận thầu san lấp giai đoạn 2 dự án, với khối lượng đất san lấp là 1 triệu m3, giá trị hợp đồng tạm tính là 80 tỷ đồng. Công ty Toàn Đức nộp cho Công ty Thịnh An 1 tỷ đồng tiền bảo lãnh hợp đồng.
Thực chất, Công ty Gia Lộc không được nhận thầu dự án nên các hợp đồng hợp tác và liên danh đều không được thực hiện.
Ngoài ra, năm 2009, Công ty Gia Lộc hợp tác đầu tư với Công ty cổ phần Đầu tư Xây dựng Thương mại Nam Việt san lấp mặt bằng Cụm công nghiệp cầu cảng Phước Đông, huyện Cần Đước, tỉnh Long An, trị giá hợp đồng là 78,4 tỷ đồng.
Công ty Gia Lộc có trách nhiệm đầu tư tài chính ban đầu. Ngày 12/11/2009, Thiều Thị Bản - đại diện Công ty Gia Lộc, đã ký hợp đồng liên danh với Công ty Thịnh An. Khi kiểm tra thực trạng thi công, Công ty Thịnh An phát hiện dự án thi công chậm nên quyết định rút lui khỏi dự án trên.
Ông Đỗ Danh Khánh cho biết, trước khi ký hợp đồng, Bản và Tự khẳng định, Công ty sẽ được thi công công trình. Sau khi đi thực địa, ông tin tưởng nên ký hợp đồng và nộp 3 tỷ đồng. Trong đó, có khoản 1,5 tỷ đồng là tiền chi phí cho Công ty Gia Lộc, nhưng không có phiếu thu.
Quá trình giao dịch, Bản đã trả lại cho ông 50 triệu đồng. Tuy nhiên, do không có giấy tờ về số tiền trên nên cơ quan điều tra chỉ xem xét việc Thiều Thị Bản và Nguyễn Gia Tự có hành vi gian dối, chiếm đoạt của ông số tiền 1,5 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra xác định, Bản nộp 1,5 tỷ đồng về Công ty Gia Lộc, sau đó Tự rút tiền bằng 4 phiếu chi không số. Nguyễn Gia Tự khai nhận, đã chuyển số tiền trên cho Công ty cổ phần Đầu tư Xây dựng Thương mại Nam Việt. Nhưng dự án không khả thi, nên Công ty Gia Lộc không tham gia. Nhận lại số tiền trên, Tự sử dụng vào mục đích cá nhân.
Về phần dân sự, Công ty Toàn Đức yêu cầu Công ty Thịnh An phải có trách nhiệm trả lại 1 tỷ đồng.
Được biết, Công ty Gia Lộc được thành lập năm 2003, đăng ký vốn điều lệ 120 tỷ đồng, gồm 4 cổ đông sáng lập. Năm 2004, Nguyễn Gia Tự đã ký quyết định ủy quyền cho Thiều Thị Bản sử dụng con dấu công ty để ký kết các hợp đồng liên danh, liên kết.
Ngày 24/7/2017, sau một ngày xét xử, Tòa án nhân dân TP Hà Nội đã trả hồ sơ điều tra bổ sung do mâu thuẫn lời khai, vắng người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Liên quan đến vụ việc, năm 2010, sau khi đòi nợ bất thành, Đỗ Danh Khánh cùng một số đối tượng thực hiện vụ bắt cóc anh Lưu Văn Vương - con trai của Bản (là kỹ sư xây dựng) để gây sức ép. Các đối tượng dụ anh Vương ra khỏi công trường Keangnam, bắt giữ trong nhiều ngày.
Năm 2012, Đỗ Danh Khánh bị xử phạt 5 năm 3 tháng tù về tội cưỡng đoạt tài sản và bắt, giữ người trái pháp luật. Năm 2015, vụ án bị kháng nghị và hủy án theo thủ tục giám đốc thẩm.