Cuối tháng 4/2017, Tòa án Nhân dân TP. Hà Nội đưa ra xét xử bị cáo Phan Tôn Chinh, Vũ Xuân Hùng cùng sinh năm 1971, trú tại quận Ba Đình, Hà Nội và Bùi Quốc Bảo (sinh năm 1963, ở quận Đống Đa, Hà Nội).
Theo cáo trạng, Công ty cổ phần Xuất nhập khẩu Khoáng sản (viết tắt là Công ty Khoáng sản) được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh khoáng sản và các loại vật tư thiết bị khác. Vốn điều lệ của Công ty là 3 tỷ đồng, trong đó vốn sở hữu nhà nước giữ 40%.
Bị cáo Phan Tôn Chinh là Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty TNHH Xuất nhập khẩu Hoàng Mai (viết tắt là Công ty Hoàng Mai), kiêm giám đốc Công ty TNHH thương mại Công Nguyên. Công ty Hoàng Mai thuê kho Song Thành (phường Bồ Đề, quận Long Biên, Hà Nội).
Thông qua ông Nguyễn Quyết Chiến, từ tháng 7-12/2007, Công ty Khoáng sản ký 3 hợp đồng mua bán xe ô tô với Công ty Hoàng Mai. Trong đó, hợp đồng số 1312 thể hiện, Công ty Hoàng Mai bán cho Công ty Khoáng sản 26 chiếc xe ô tô du lịch mới 100% (24 xe ô tô Yaris, 2 xe ô tô Nissan Murano) trị giá 9,4 tỷ đồng.
Để có tiền thực hiện hợp đồng, Công ty Khoáng sản vay 5 tỷ đồng của Ngân hàng TMCP Xuất nhập khẩu Việt Nam. Tài sản thế chấp là toàn bộ lô xe của hợp đồng số 1312. Ngày 21/12/2007, Công ty Khoáng sản đã chuyển khoản cho Công ty Hoàng Mai số tiền 5 tỷ đồng.
Một tháng sau, Vũ Xuân Hùng (Giám đốc Công ty Hoàng Mai) ký hóa đơn xuất bán 14 xe ô tô trị giá 1,2 tỷ đồng. 10 chiếc xe ô tô còn lại, Công ty Hoàng Mai không giao xe, giấy tờ. Công ty Khoáng sản đã nhiều lần liên hệ với Vũ Xuân Hùng đốc thúc lấy giấy tờ xe để thế chấp cho ngân hàng, nhưng Vũ Xuân Hùng không bàn giao.
Lợi dụng xe ô tô vẫn gửi tại kho Song Thàn và sự quản lý lỏng lẻo của Công ty Khoáng sản, Vũ Xuân Hùng và Phan Tôn Chinh bán xe ô tô cho các khách hàng khác. Số tiền thu được các bị cáo không thanh toán cho Công ty Khoáng sản. Theo quy kết, Công ty Hoàng Mai đã chiếm đoạt của Công ty Khoáng sản số tiền 3,7 tỷ đồng.
Trong quá trình điều tra, các bị cáo đã khai nhận, do Công ty Hoàng Mai khi nhập khẩu xe về không có tiền nộp thuế nên vay tiền ngân hàng. Sau khi nhận giấy tờ, các bị cáo đã thế chấp số giấy tờ trên cho ngân hàng. Khi bán được chiếc xe nào, khách hàng và người của Công ty Hoàng Mai đến ngân hàng nộp thuế nhập khẩu và lấy giấy tờ xe.
Thời điểm Công ty Hoàng Mai ký hợp đồng bán xe cho Công ty Khoáng sản, ông Bùi Quốc Bảo đang giữ chức Giám đốc Công ty Hoàng Mai. Ông Bảo là người trực tiếp tham gia ký kết, thực hiện hợp đồng kinh tế số 1312. Tuy nhiên, quá trình thực hiện hợp đồng, bị cáo đã thiếu sự kiểm tra, quản lý tài sản, tạo kẽ hở để các bị cáo Vũ Xuân Hùng, Phan Tôn Chinh xuất hóa đơn bán khống 10 xe ô tô cho khách hàng khác, chiếm đoạt tiền của Công ty Khoáng sản.
Ngày 14/4/2009, Đại hội đồng cổ đông của Công ty Khoáng sản xác định ông Bùi Quốc Bảo không hoàn thành nhiệm vụ, đề nghị làm rõ trách nhiệm làm thất thoát khoản tiền lớn của Công ty. Sau đó, cơ quan điều tra vào cuộc. Theo quy định tại Điều 116, Luật Doanh nghiệp, Điều lệ Công ty¸ hành vi của ông Bảo phạm vào tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Tại phiên tòa ngày 26/4/2017, luật sư Trần Việt Hùng đã xuất trình chứng cứ mới là bảng cân đối kế toán của Công ty cổ phần Khoáng sản có các khoản nợ khó đòi của ông Nguyễn Quyết Chiến. Luật sư đề nghị làm rõ vai trò của ông Chiến trong vụ án này. Ngoài ra, hợp đồng số 1312 được ký kết ngày 13/12/2007, nhưng cáo trạng thể hiện, bị cáo Hùng khắc phục hậu quả ngày 1/11/2007, tức là trước ngày ký hợp đồng gần nửa tháng. Do có nhiều nội dung còn mâu thuẫn, Hội đồng xét xử quyết định trả hồ sơ điều tra bổ sung.