Vào năm 2013, Thanh tra Chính phủ đã tiến hành thanh tra EVN và sau đó, cơ quan này đã ban hành Kết luận thanh tra số 2181/KL-TTCP về chấp hành quy định của pháp luật trong quản lý sử dụng vốn, tài sản tại Tập đoàn EVN.
Đến ngày 9/12/2013, Văn phòng Chính phủ đã có Văn bản 442/TB-VPCP thông báo ý kiến chỉ đạo thực hiện Kết luận thanh tra của Thủ tướng Chính phủ.
Nhằm tăng cường công tác xử lý sau thanh tra, Thanh tra Chính phủ đã thành lập Tổ kiểm tra việc thực hiện kết luận thanh tra và ý kiến chỉ đạo thực hiện Kết luận thanh tra của Thủ tướng Chính phủ. Ngoài EVN, Tổ kiểm tra của Thanh tra Chính phủ sẽ kiểm tra cả các đơn vị có liên quan.
Tại buổi công bố Quyết định kiểm tra ngày 11/8, Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Ngô Văn Khánh cho biết, đây là cuộc kiểm tra theo quy định, nhằm đánh giá việc thực hiện các nội dung của Kết luận thanh tra, cũng như chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; chỉ ra những việc đã làm được, chưa làm được của EVN trong thời gian qua.
Sau khi kết thúc kiểm tra, Tổ có nhiệm vụ báo cáo Tổng Thanh tra Chính phủ những việc đã làm được, chưa làm được và những vấn đề còn vướng mắc của EVN để Tổng Thanh tra Chính phủ báo cáo và xin ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ .
Được biết, sau cuộc thanh tra năm 2013, Thanh tra Chính phủ đã kết luận nhiều sai phạm tại EVN. Trong đó, đáng chú ý có việc EVN hạch toán chi phí “khu nhà quản lý vận hành và sửa chữa” vào chi phí đầu tư của 6 dự án nguồn điện. Nhưng thực tế đây là các nhà biệt thự đơn lập, nhà song lập, nhà liền kề, chung cư cao tầng, có các cơ sở hạ tầng như bể bơi, sân tennis… phục vụ mục đích sinh hoạt cho cán bộ nhân viên, với tổng số tiền gần 600 tỷ đồng. Dù việc hạch toán này không đúng quy định, song Bộ Công thương vẫn phê duyệt.
EVN đầu tư ra ngoài doanh nghiệp số tiền 121.790 tỷ đồng trong đó có đầu tư vào lĩnh vực tài chính, chứng khoán, ngân hàng, bảo hiểm là 1.997 tỷ đồng, vượt quá mức quy định về đầu tư ngoài doanh nghiệp, đầu tư ngoài ngành.
Công ty mẹ EVN cũng hạch toán chuyển nguồn vốn không đúng tại 11 dự án đã hoàn thành và đang hoạt động khiến cho chi phí sản xuất điện năm 2011 tại các dự án này tăng thêm gần 224 tỷ đồng.
Tại các đơn vị thành viên, thanh tra cho thấy, Tổng công ty truyền tải điện quốc gia chỉ định thầu chưa đúng với quy định pháp luật ở 19 gói thầu với tổng trị giá hơn 299 tỷ đồng. Tổng công ty điện lực Hà Nội không bảo toàn được vốn trong năm 2011, vốn đầu tư của chủ sở hữu giảm 328 tỷ đồng.
Tổng công ty Điện lực miền Bắc chuyển nhượng cổ phần tại CTCP Thủy điện Nho Quế 1 cho Bitexco nhưng không đấu giá. Tổng công ty điện lực miền Trung tạm ứng quỹ khen thưởng phúc lợi hơn 5 tỷ đồng chi cho cán bộ công nhân viên trong khi không có lợi nhuận, đến nay không thể bù đắp.
