Quyết định khởi tố đã được Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn.
Về vụ việc này, ngày 17/10/2019, Công ty Bảo Nguyên đăng ký tờ khai xuất khẩu số 302816355501/B11 tại Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Cẩm Phả, Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh. Hàng hóa theo khai báo là 42.000 tấn “tinh quặng Bauxit” (hàm lượng AL2O3>=50%, khối lượng +/-10%), mã số HS: 2606000090, thuế suất thuế xuất khẩu 20%, tổng trị giá lô hàng xuất khẩu 10.204.740.000 đồng.
Công ty đã nộp thuế: 2.040.948.000 đồng. Hồ sơ làm thủ tục hải quan gồm có: InVoice, Hợp đồng, Phiếu kết quả thử nghiệm số 19V02KK4551 ngày 18/10/2019 của Vinacontrol, công văn số 8228/BCT-CNNg ngày 25/8/2014 của Bộ Công thương và Quyết định số 270/QĐ-UBND ngày 31/01/2019 của Uỷ ban nhân dân tỉnh Lạng Sơn.
Lô hàng trên đã hoàn thành thủ tục hải quan theo quy định (cơ quan hải quan đã hoàn thành thủ tục kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa, doanh nghiệp đã nộp thuế xuất khẩu).
Tuy nhiên, căn cứ kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa của cơ quan Hải quan và kết quả giám định của Viện Khoa học địa chất và khoáng sản, Bộ Tài nguyên và Môi trường (phối hợp với Trung tâm phân tích thí nghiệm địa chất, Tổng cục địa chất và khoáng sản Việt Nam là đơn vị có VILAS032 để thực hiện giám định) thì thực tế hàng hóa là “quặng Bauxit dạng thô” không được phép xuất khẩu theo chỉ thị số 03/CT-TTg ngày 30/03/2015 của Thủ tướng Chính phủ, không phải là tinh quặng Bauxit như Công ty đã khai hải quan.
Theo quy định tại Phụ lục I - Biểu thuế xuất khẩu theo danh mục mặt hàng chịu thuế ban hành kèm theo Nghị định số 125/2017/NĐ-CP ngày 16/11/2017 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 122/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ thì Quặng thô có mã HS 2606.00.00.10, thuế suất xuất khẩu là 30% còn Tinh quặng có mã HS 2606.00.00.90, thuế suất xuất khẩu 20%.
Theo kết quả khám xét và giám định thì tổng trọng lượng hàng thực tế là 44.123,020 tấn (nhiều hơn khối lượng khai hải quan 2.123,020 tấn), trị giá 10.814.052.800 đồng và số thuế phải nộp là 3.244.215.840 đồng (số thuế ẩn lậu 1.203.267.840 đồng).
Phiếu kết quả thử nghiệm số 19V02kk4551 do Công ty Bảo Nguyên tự lấy mẫu gửi cơ quan giám định, không có cơ quan Hải quan chứng kiến việc lấy mẫu, vi phạm quy định khoản 1 Điều 5 Thông tư số 41/2012/TT-BCT ngày 21/12/2012 của Bộ Công thương (đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 3 Điều 1 Thông tư 12/2016/TT-BCT) nên không có giá trị làm thủ tục hải quan cho lô hàng xuất khẩu trên.