Tuy nhiên, đến 2 phụ lục hợp đồng ký vào tháng 4, tháng 5/2012 thì phát sinh tranh chấp. Sau khi hoàn tất giao hàng theo hợp đồng và phụ lục, Công ty Trường Phú yêu cầu Công ty Thiên Phú thanh toán tiền mua bán hàng hóa, nhưng Công ty Thiên Phú không thực hiện. Từ 31/7/2012 đến ngày 30/6/2013, Thiên Phú đã nhiều lần xác nhận nợ, nhưng vẫn không thanh toán tiền cho Trường Phú. Khi phía Thiên Phú không trả tiền hàng, Công ty Trường Phú đã gửi văn bản yêu cầu MB thực hiện nghĩa vụ bảo lãnh trong thời hạn hiệu lực của bảo lãnh.
Vì nhiều lý do, phía MB đã không thực hiện nghĩa vụ bảo lãnh nên Công ty Trường Phú khởi kiện yêu cầu Tòa án buộc MB thanh toán khoản tiền 24,4 tỷ đồng tiền gốc, 4,8 tỷ đồng tiền lãi phát sinh và 4,6 tỷ đồng bồi thường thiệt hại. Tổng số tiền là 33,8 tỷ đồng.
Phía MB cho biết, lý do không thực hiện bảo lãnh cho Thiên Phú vì để việc thanh toán đáp ứng đúng thoả thuận và phù hợp với quy định của pháp luật. MB đã nhiều lần làm việc và gửi văn bản đề nghị Trường Phú cung cấp bổ sung xác nhận của Thiên Phú về vấn đề hàng hoá theo thoả thuận. Mặt khác, biên bản giao nhận hàng hoá và các biên bản đối chiếu công nợ do Trường Phú cung cấp cho MB không được ký bởi người đại diện theo pháp luật.
Trong khi đó, toà án cũng đã nhiều lần mời Thiên Phú đến để lấy lời khai về việc có tranh chấp về hợp đồng mua bán hàng hoá hay không và tống đạt Quyết định đưa ra xét xử. Công ty này không đến toà, cũng không gửi các văn bản cho toà án nên phiên xử diễn ra mà vắng đại diện này.
Tại bản án sơ thẩm, TAND quận Đống Đa chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty Trường Phú, buộc MB phải trả nợ số tiền gốc 24,4 tỷ đồng, lãi 4,8 tỷ đồng, bồi thường thiệt hại là 4,6 tỷ đồng. Tổng số tiền là 33,8 tỷ đồng. Sau khi Ngân hàng đã thanh toán xong các khoản tiền trên, nếu có tranh chấp về nghĩa vụ hoàn lại của Công ty Thiên Phú cho MB, sẽ được giải quyết bằng vụ án khác nếu có yêu cầu.
Tuy nhiên, MB đã kháng cáo toàn bộ quyết định trên của tòa cấp sơ thẩm. Ngày 14/8, TAND Hà Nội thụ lý, xử phúc thẩm. Trường Phú và MB đã đề nghị tòa chậm tuyên án để thoả thuận về việc Công ty Trường Phú rút yêu cầu bồi thường thiệt hại. Ngày 19/8, toà phúc thẩm sửa một phần bản án sơ thẩm, theo đó chấp nhận việc Trường Phú đồng ý rút lại khoản bồi thường thiệt hại hơn 4 tỷ đồng. Toà tuyên buộc MB phải có nghĩa vụ thanh toán cho Trường Phú hơn 28 tỷ đồng (gồm 24,4 tỷ đồng gốc và 3,7 tỷ đồng lãi).