Hiện tại thì BTC vẫn chưa có phương án cuối cùng về việc xử lý vấn đề này, tuy nhiên, các cơ quan chức năng thuộc BTC vừa hoàn tất 2 phương án. Phương án 1 là miễn số thuế TNCN 5 tháng (từ 1/1/2009 đến 31/5/2009) đối với tất cả các loại thu nhập được giãn theo Thông tư 27/2009/TT-BTC về việc hướng dẫn thực hiện việc giãn thời hạn nộp thuế TNCN. Các đối tượng được giãn thuế cụ thể gồm cá nhân cư trú có thu nhập chịu thuế từ kinh doanh, thu nhập từ tiền lương, tiền công; thu nhập từ đầu tư vốn, thu nhập từ chuyển nhượng vốn (bao gồm cả chuyển nhượng chứng khoán), thu nhập từ bản quyền; thu nhập từ nhượng quyền thương mại, thu nhập từ nhận thừa kế, thu nhập từ nhận quà tặng; cá nhân không cư trú có thu nhập chịu thuế từ đầu tư vốn, chuyển nhượng vốn (bao gồm cả chuyển nhượng chứng khoán), thu nhập từ bản quyền, thu nhập từ nhượng quyền thương mại. Đối với 7 tháng còn lại của năm 2009, sẽ thực hiện miễn thuế TNCN 100.000 đồng/tháng cho tất cả các đối tượng có thu nhập từ tiền lương, tiền công và thu nhập từ kinh doanh.
Phương án 2 là miễn số thuế TNCN 6 tháng (từ 1/1/2009 đến 30/6/2009) đối với tất cả các loại thu nhập được giãn nêu trên. Đối với 6 tháng còn lại của năm 2009 sẽ thực hiện miễn thuế TNCN đối với thu nhập từ bản quyền, nhượng quyền thương mại, thu nhập từ thừa kế, quà tặng, chứng khoán; giảm 200.000 đồng/tháng cho các đối tượng cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công và thu nhập từ kinh doanh.
Theo tính toán của Tổng cục Thuế, nếu thực hiện phương án 1, năm 2009, ngân sách nhà nước giảm thu từ thuế TNCN khoảng 5.200 tỷ đồng; còn thực hiện phương án 2, ngân sách nhà nước giảm thu khoảng 6.700 tỷ đồng. Như vậy, nếu thực hiện phương án 2, số thu từ thuế TNCN năm 2009 sẽ giảm khoảng 46% so với số thu đã được Quốc hội thông qua, tuy nhiên nhiều khả năng, BTC sẽ kiến nghị Chính phủ trình Quốc hội thông qua phương án 2. Từ trước đến nay, khi xây dựng các chính sách ảnh hưởng đến nguồn thu ngân sách, thông thường BTC trình phương án làm giảm thu ít nhất. Việc BTC lựa chọn phương án 2 sẽ khiến số thu ngân sách giảm thêm 1.500 tỷ đồng so với phương án 1 là điều hiếm khi xảy ra.
Việc lựa chọn phương án nào trong 2 phương án kể trên hoặc có thể thực hiện phương án 3 như đề xuất mới đây của UBND TP. HCM và một số đại biểu Quốc hội là lùi thời điểm thi hành Luật Thuế TNCN đến ngày 1/1/2010 thuộc thẩm quyền của Quốc hội. Tuy nhiên, để thuyết phục được các đại biểu Quốc hội lựa chọn phương án nào, từ nay đến khi Quốc hội khai mạc (dự định vào ngày 6/5/2009), Chính phủ và Ủy ban Thường vụ Quốc hội (TVQH) phải có tiếng nói thống nhất tại một cuộc họp của Ủy ban TVQH. Vào cuối tháng 4, Ủy ban này sẽ tổ chức Phiên họp thứ 19 - phiên họp cuối cùng trước khi khai mạc Kỳ họp thứ 5, tuy nhiên, đến tận thời điểm này, Uỷ ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội (cơ quan thẩm tra các phương án xử lý thuế TNCN kể trên) vẫn chưa thực hiện thẩm tra xem các phương án xử lý sẽ tác động ra sao đến đời sống người dân, đến thu - chi ngân sách, đến chính sách kích cầu đầu tư, kích cầu tiêu dùng… vì chưa có thông tin cụ thể về các phương án sẽ được BTC trình. Như vậy có thể nói, chưa có gì bảo đảm việc miễn số thuế TNCN tạm giãn, giảm 100.000 đồng/tháng hoặc 200.000 đồng/tháng cho một số đối tượng nộp thuế TNCN năm 2009 sẽ được thực hiện.
Trong khi Ủy ban TVQH chưa đưa vấn đề này ra thảo luận, nhiều người hy vọng TVQH sẽ đồng tình với đề xuất của một số địa phương là tạm lùi thời điểm thực hiện Luật Thuế TNCN đến năm 2010. Tuy nhiên, xét trên nhiều khía cạnh, đề xuất này khó có thể thành hiện thực. Lý do là thứ nhất, nếu tạm lùi thì ngân sách sẽ giảm thu 14.545 tỷ đồng trong bối cảnh ngân sách đã giảm thu ít nhất 90.000 tỷ đồng do suy thoái kinh tế, giá dầu giảm và thực hiện hàng loạt chính sách tài chính để kích cầu. Thứ hai, nếu năm 2010, nền kinh tế chưa kịp phục hồi, đầu tư vào TTCK vẫn "lỗ nhiều hơn lãi"… Chính phủ, Ủy ban TVQH lại phải bắt tay vào xử lý vấn đề này như năm 2009 - điều mà không một cơ quan nào muốn. Thứ ba, sẽ xảy ra tiền lệ xấu trong việc triển khai các văn bản pháp luật là cứ khó thì tạm dừng thực hiện.
Trong bối cảnh này, người dân chỉ nên hy vọng Quốc hội thông qua phương án 2 mà BTC dự định sẽ trình. Nếu thực hiện theo phương án này, nhà đầu tư trên TTCK yên tâm vì khoản tiền đầu tư của họ sẽ không bị đánh thuế trong năm nay, còn người có thu nhập đến 10 triệu đồng/tháng nếu phải nuôi 2 người phụ thuộc cũng sẽ không phải nộp thuế TNCN.