Theo đó, thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng của các cơ quan thuộc thành phố: Sở Xây dựng cấp giấy phép xây dựng các công trình cấp I, cấp II; công trình tôn giáo thuộc dự án do các tổ chức tôn giáo làm chủ đầu tư; công trình đã được xếp hạng di tích lịch sử - văn hoá; công trình tượng đài, tranh hoành tráng; công trình thuộc dự án có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài (không bao gồm báo cáo kinh tế kỹ thuật) thuộc đối tượng phải cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư; công trình nằm trên địa bàn từ hai quận, huyện, thị xã trở lên; công trình xây dựng (bao gồm cả biển quảng cáo tấm lớn gắn trên công trình hoặc đứng độc lập) tiếp giáp với một trong các tuyến phố (thuộc địa bàn các quận Ba Đình, Hoàn Kiếm, Đống Đa, Hai Bà Trưng).
Ban Quản lý các Khu công nghiệp và chế xuất cấp giấy phép xây dựng các công trình nằm trong các khu công nghiệp, khu chế xuất thuộc thẩm quyền quản lý.
UBND cấp huyện cấp giấy phép xây dựng công trình, nhà ở riêng lẻ trong đô thị (bao gồm cả nhà ở riêng lẻ kết hợp chức năng khác không phân biệt quy mô và nhà biệt thự), trung tâm cụm xã, khu bảo tồn, khu di tích lịch sử - văn hoá được xếp hạng thuộc địa bàn mình quản lý theo quy định.
Trường hợp có mâu thuẫn giữa các tiêu chí để xác định thẩm quyền cấp hoặc điều chỉnh giấy phép xây dựng thì Sở Xây dựng là cơ quan quyết định.
Trong các trường hợp đặc biệt như dự án gồm nhiều công trình có cấp khác nhau thì thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng cho các công trình thuộc dự án được xác định theo công trình có cấp cao nhất.
Đối với các trường hợp đề nghị điều chỉnh giấy phép xây dựng hoặc cấp giấy phép xây dựng sửa chữa, cải tạo làm thay đổi quy mô công trình thì thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng được xác định theo quy mô công trình mới.
Trường hợp có mâu thuẫn giữa các tiêu chí để xác định thẩm quyền cấp hoặc điều chỉnh giấy phép xây dựng thì Sở Xây dựng là cơ quan quyết định.
Sở Xây dựng chủ trì, phối hợp với UBND các cấp và cơ quan liên quan tổ chức tập huấn, hướng dẫn việc thực hiện nội dung của quy định trên. Trong quá trình tổ chức thực hiện nếu có khó khăn, vướng mắc hoặc thay đổi về pháp lý liên quan đến nội dung quy định này trong lĩnh vực mình quản lý thì các sở, ban, ngành thành phố, UBND các cấp có trách nhiệm khẩn trương thông báo và đề xuất biện pháp giải quyết gửi Sở Xây dựng để tổng hợp, báo cáo UBND thành phố xem xét, điều chỉnh cho phù hợp.