Kết quả kiểm tra cho thấy, các DN đã tự ý sử dụng nguồn sai mục đích gần 600 tỷ đồng, hoặc có phương án sử dụng chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt với số tiền hơn 2.242 tỷ đồng.
Một số DN đầu tư vốn vào doanh nghiệp FDI, với số lợi nhuận của DN lên tới gần 7.000 tỷ đồng, nhưng không rút được lợi nhuận về, do chính sách bất cập. Để khắc phục tình trạng này, Thanh tra Bộ Tài chính đã kiến nghị, đề xuất Bộ Tài chính và các cấp có thẩm quyền sửa đổi cơ chế cho phù hợp.