Tranh chấp liên quan đến dự án đường Nam Sông Hậu, trước đây do Ban quản lý dự án Mỹ Thuận là chủ đầu tư, sau đó Công ty Cửu Long kế thừa.
Tổng chiều dài là 165,4km, tổng mức đầu tư là 2.1977 tỷ đồng, dự án được thực hiện từ nguồn vốn trái phiếu chính phủ. Vietracimex là nhà thầu xây lắp gói thầu số 13.
Theo hợp đồng năm 2005, giá trị hợp đồng xây lắp là 156 tỷ đồng. Thời điểm hoàn thành sau 24 tháng kể từ khi bàn giao mặt bằng và các điều khoản tạm ứng, thanh toán.
Vietracimex đã nhận tạm ứng 31,2 tỷ đồng. Số tiền này Vietracimex đã giao cho nhà thầu phụ là CTCP Thương mại và Xây dựng Khánh Hòa (do Vietracimex nắm 40% vốn) thực hiện.
Quá trình thực hiện hợp đồng, nhà thầu phụ thường xuyên vi phạm tiến độ. Ngày 23/4/2008, Bộ Giao thông vận tải có văn bản chấp thuận với Ban quản lý dự án Mỹ Thuận tiến hành các thủ tục chấm dứt hợp đồng với Vietracimex và để Công ty Xây dựng Quyết Tiến thay thế.
Ngày 21/5/2008, Ban quản lý dự án có quyết định cắt phần khối lượng còn lại chuyển cho Công ty Quyết Tiến thực hiện.
Theo các quyết định này, Vietracimex có trách nhiệm hoàn trả giá trị tạm ứng sau khi cân đối giá trị khối lượng thực hiện.
Các bên đối chiếu công nợ thì số tiền tạm ứng và thanh toán mà nhà thầu nhận được là 60 tỷ đồng. Khối lượng công việc thực hiện và được nghiệm thu đạt giá trị 51,8 tỷ đồng.
Năm 2011, Bộ Giao thông Vận tải có quyết định thành lập Tổng công ty Cửu Long, kế thừa trách nhiệm của Ban quản lý dự án. Bộ Giao thông vận tải cũng phê duyệt quyết toán dự án. Trong đó kinh phí gói thầu 13 được quyết toán số tiền 51,8 tỷ đồng.
Công ty Cửu Long xác định, nhà thầu Vietracimex còn phải hoàn lại số tiền 6,1 tỷ đồng, chậm nhất vào ngày 5/12/2014. Tuy nhiên, Vietracimex không thực hiện. Công ty Cửu Long khởi kiện ra tòa án, buộc Vietracimex hoàn trả 6,1 tỷ đồng và lãi chậm trả là 2,5 tỷ đồng.
Vietracimex phải thanh toán 4,1 tỷ đồng
Theo Vietracimex, Công ty Cửu Long không cung cấp được hồ sơ quyết toán do Vietracimex ký. Trong khi đó, Vietracimex chỉ giao cho Công ty Khánh Hòa đảm nhận một phần gói thầu. Công ty Khánh Hòa được ủy quyền ký các văn bản liên quan đến tiến độ, khối lượng, chất lượng kỹ thuật, nghiệm thu thanh toán từng giai đoạn, phiếu giá thanh toán.
Việc Công ty Khánh Hòa ký vào biên bản đối chiếu số liệu tài chính ngày 10/10/2013 và biên bản thống nhất số liệu kiểm toán ngày 22/11/2014 là vượt quá ủy quyền. Mặt khác, các biên bản này được ký kết khi hợp đồng xây lắp đã chấm dứt nên không có giá trị pháp lý.
Vì vậy, Vietracimex không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty Cửu Long.
Năm 2019, tòa sơ thẩm chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty Cửu Long, buộc Vietracimex phải thanh toán tiền gốc và lãi là 9 tỷ đồng. Vietracimex kháng cáo toàn bộ bản án sơ thẩm.
Khi xem xét lại, tòa phúc thẩm cho rằng, việc Công ty Khánh Hòa ký các biên bản đối chiếu khối lượng công việc là phù hợp với nội dung ủy quyền. Từ năm 2010-2014, Vietracimex cũng ký các phụ lục hợp đồng về việc điều chỉnh giá trị công trình. Công ty không có ý kiến phản hồi về việc thanh toán khi chấm dứt hợp đồng.
Tuy nhiên, tòa án xác định lại khối lượng công việc hoàn thành thì Vietracimex chỉ còn phải thanh toán cho Công ty Cửu Long 3,5 tỷ đồng và lãi chậm trả là 592 triệu đồng. Tổng số tiền Vietracimex phải trả lại Công ty Cửu Long là 4,1 tỷ đồng.