Tuy nhiên, tới nay đã 10 năm, tiến độ đền bù giải tỏa của Dự án mới hoàn thành 99%. Dự án hiện còn 100 trường hợp chưa thể thực hiện đền bù giải tỏa, với tổng quỹ đất chưa thể đền bù hơn 4 héc-ta.
Ông Nguyễn Thế Minh, Phó trưởng Ban quản lý dự án cho biết, Thủ Thiêm đang gặp khó khăn rất lớn từ vấn đề giải phóng mặt bằng, song Thành phố vẫn chưa có chỉ đạo cưỡng chế đối với các trường hợp này. Trong đó, tại tuyến đường chính phía bờ sông Sài Gòn bị vướng nhà thờ khiến tiến độ thực hiện tuyến đường tại đây không thể thực hiện được.
Đầu tháng 9/2015, báo cáo của UBND TP.HCM gửi Thủ tướng cho biết, hiện tại, mỗi ngày Thành phố phải chi trả số tiền 2,9 tỷ đồng mà Thành phố vay để phát triển khu đô thị Thủ Thiêm, phục vụ việc bồi thường giải phóng mặt bằng đối với các trường hợp còn lại, đầu tư hạ tầng trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm, xây dựng quỹ nhà phục vụ tái định cư.
Không chỉ trung tâm dự án vướng đền bù giải tỏa, mà ngay cả Dự án Cầu Thủ Thiêm 2 cũng đang vướng việc đền bù giải tỏa phía bên bờ Tây sông Sài Gòn thuộc quận 1, do Nhà máy Đóng tàu Ba Son làm chủ. Được biết, sau nhiều lần thỏa thuận giữa Ban quản lý và Nhà máy Đóng tàu Ba Son không thành công, mới đây, UBND TP.HCM đã giao Sở Giao thông - Vận tải đứng ra làm đầu mối giải tỏa khu vực này.
Việc đền bù giải phóng mặt bằng tại cầu Thủ Thiêm số 3 (kết nối giữa quận 7 và Thủ Thiêm) cũng được cho là vướng đền bù giải tỏa, khi số hộ dân bên quận 7 không chịu di dời.
Theo quy hoạch của Thành phố, Thủ Thiêm được cho là khu bờ Đông của sông Sài Gòn, còn phía bên quận 1 là bờ Tây. Tuy nhiên, sau khi được quy hoạch cũng như sau nhiều năm liên tục tổ chức hội thảo kêu gọi nhà đầu tư trong và ngoài nước đầu tư vào Thủ Thiêm thì tới nay mới chỉ có một đơn vị là Đại Quang Minh thực hiện các hạng mục đầu tư tại đây. Trong khi đó, những tuyến đường chính của Dự án vẫn đang triển khai và các chủ đầu tư khác còn quan sát, chưa chính thức triển khai xây dựng dự án trong khu đô thị lớn nhất này của Thành phố.
Ông Nguyễn Thế Minh cho biết thêm: “Trong khi khu bờ Đông đang gặp khó khăn thì bên kia sông Sài Gòn thuộc khu bờ Tây lại được Thành phố cho phát triển rầm rộ với việc Công ty Vincom liên tục đầu tư xây dựng những công trình lớn. Đặc biệt, mới đây, đơn vị này đã trình Sở Quy hoạch - Kiến trúc Thành phố bản quy hoạch mở rộng phát triển các dự án từ phía chân cầu Thủ Thiêm ra tới tận khu cảng Khánh Hội và đường Phạm Hùng ở quận 4.
Việc Thành phố cho bờ Tây phát triển như bờ Đông sẽ làm cho khu Thủ Thiêm thêm khó khăn, vì khách hàng và các nhà đầu tư sẽ chọn bờ Tây để đầu tư và phát triển dự án, chứ không qua bờ Đông đầu tư vì khu vực bờ Tây có lợi thế hơn nhiều”, ông Minh chia sẻ.
