Trong kết luận của Thanh tra Chính phủ, HUD có rất nhiều sai phạm. Đơn cử, HUD quản lý các khoản đầu tư ra ngoài doanh nghiệp yếu kém, hiệu quả đầu tư thấp. Một số khoản thâm hụt mất vốn như đầu tư vào CTCP Xi măng Sông Thao 516 tỷ đồng, nhưng đến 31/12/2012, công ty này lỗ lũy kế 305 tỷ đồng; đầu tư vào CTCP Phát triển nhà xã hội HUD.VN 161 tỷ đồng.
HUD.VN đã sử dụng hầu hết các nguồn vốn góp cùng HUD mua đất để thực hiện Dự án Ánh Dương và thực hiện các dự án ủy quyền đầu tư kinh doanh của HUD sai quy định, dẫn đến tài chính khó khăn, kinh doanh trì trệ không hiệu quả kéo dài, lãng phí vốn đầu tư.
Đặc biệt, HUD đã đầu tư ngoài ngành nghề kinh doanh chính vào Quỹ đầu tư Việt Nam do Công ty liên doanh quản lý quỹ đầu tư BDIV-Vietnam Partner (BVIM) quản lý, 72 tỷ đồng từ năm 2006, đến thời điểm kiểm tra (tháng 8/2013) chưa thu được hiệu quả.
Tổng công ty này còn góp vốn vào CTCP Thép Sông Hồng 46,2 tỷ đồng từ tháng 5/2005, đến 1/7/2007 HUD đã thỏa thuận thoái vốn nhưng đến nay không thu hồi được và chưa xử lý.
Các khoản nợ phải trả của HUD lớn (6.684 tỷ đồng), khả năng thanh toán khó khăn do mất cân đối dòng tiền, tồn kho nhiều, thanh khoản chậm, hạch toán chưa đầy đủ các khoản nợ về tiền sử dụng đất… HUD cũng hạch toán kinh doanh không chính xác, ghi nhận thiếu chi phí trích trước và chi phí dự phòng (1.298 tỷ đồng) dẫn đến phản ánh kết quả kinh doanh sai lệch, hoạt động kinh doanh kém hiệu quả.
Đáng chú ý, với các dự án được giao đầu tư, HUD thường “xé nhỏ” ủy quyền cho các công ty thành viên đầu tư kinh doanh mà không ký hợp đồng kinh tế. Liên quan đến vấn đề này, Thanh tra Chính phủ yêu cầu, HUD và các công ty thành viên tiến hành thanh lý các hợp đồng ủy quyền đầu tư kinh doanh đối với các công ty thành viên và áp dụng hình thức hợp đồng kinh tế.
Thanh tra Chính phủ yêu cầu HUD nộp ngân sách nhà nước 262 tỷ đồng gồm nợ đọng tiền sử dụng đất, tính thiếu tiền sử dụng đất phải nộp. Giao HUD và các công ty thành viên điều chỉnh, hạch toán đúng quy định đối với 20 nội dung, tổng số tiền 459 tỷ đồng.
HUD và các công ty thành viên tự rà soát, hạch toán điều chỉnh các nội dung thanh tra kết luận, đảm bảo đúng chế độ tài chính kế toán. Theo đó, xác định các chỉ tiêu tài chính, kết quả kinh doanh sau điều chỉnh, trường hợp phát sinh nghĩa vụ với Nhà nước về thuế, phí thì kê khai nộp đầy đủ và quyết toán đúng quy định.
Những DN có thể chịu tác động mạnh từ việc khắc phục hậu quả trên gồm CTCP Đầu tư và Xây dựng HUD1, HUD3, HUD4, Hudland…