Sự việc được các cổ đông của Comael phát giác khi Cục Thuế Hà Nội có thông báo yêu cầu Công ty loại bỏ một số lượng lớn hóa đơn giá trị gia tăng
Công ty Comael được chuyển đổi từ doanh nghiệp nhà nước vào năm 2005. Công ty có 51,54% vốn nhà nước, trực thuộc Tổng công ty Cơ khí xây dựng – Công ty TNHH một thành viên (viết tắt là Coma).
Vào thời điểm xảy ra vụ án, bị can Vũ Đức Nghị (SN 1979, ở xã Cổ Bi, huyện Gia Lâm, TP. Hà Nội) là Chủ tịch HĐQT Công ty. Tổng giám đốc là ông Ngô Thế Viên.
Năm 2012, Công ty Comael ký 3 hợp đồng kinh tế với Công ty Mitsuboshi, tổng giá trị là 97.123 USD. Các hạng mục thi công gồm lắp đặt hệ thống điện cung cấp cho nhà xưởng; thay thế, sửa chữa mái và tường nhà xưởng; xây dựng nhà văn phòng điều hành, nhà xưởng. Công ty Comael giao cho Xí nghiệp Đúc thi công 3 hạng mục trên.
Hơn một năm sau, Xí nghiệp Đúc đã nghiệm thu, bàn giao, thanh toán các hợp đồng bằng hình thức đối trừ công nợ với công ty mẹ là Comael tổng số tiền 902 triệu đồng. Sau đó, Công ty Comael ký hợp đồng quyết toán với đối tác. Công ty Mitsuboshi đã hoàn tất thanh toán hợp đồng số tiền 2,2 tỷ đồng. Quá trình sử dụng, các hạng mục không phải sửa chữa, thay thế.
Thực tế, khi các hợp đồng trên đang được thực hiện, Vũ Đức Nghị miễn nhiệm chức vụ của ông Ngô Thế Viên và ký Quyết định số 79 tự bổ nhiệm mình là Tổng giám đốc Công ty Comael. Vài ngày sau, bị can Nghị triệu tập hội nghị ban lãnh đạo và các trưởng ban ngành Công ty.
Trước hội nghị, Phan Thị Huệ (SN 1973, quê ở Quảng Bình) – nguyên kế toán trưởng báo cáo thực trạng 3 hạng mục thi công với Công ty Mitsuboshi có chi phí thấp hơn so với phương án kinh doanh được phê duyệt và giá trị hợp đồng đã ký.
Không muốn toàn bộ lợi nhuận chuyển về Công ty, bị can Nghị chỉ đạo kế toán làm chứng từ khống về việc thi công cẩu, vận chuyển và lắp đặt công trình cấp điện nhà xưởng, cung cấp nhân công lắp đặt, cải tạo mái tôn nhà xưởng mạ kẽm.
Theo chỉ đạo của Chủ tịch HĐQT, Phan Thị Huệ liên lạc với Phạm Thị Nga (ở quận Long Biên) trao đổi. Hai bên thống nhất ký hợp thức các hợp đồng kinh tế, biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng khống và mua hóa đơn giá trị gia tăng với chi phí 25% tổng giá trị hợp đồng. Phan Thị Huệ trình phương án trên lên lãnh đạo và được bị can Nghị đồng ý.
Dựa vào thông tin do Phan Thị Huệ cung cấp, Phạm Thị Nga đã lập các hợp đồng, biên bản nghiệm thu khống giữa Công ty Comael với Công ty cổ phần Thương mại và đầu tư xây dựng An Khánh; Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng và phát triển đô thị Hà Thành. Trong đó, Phan Thị Huệ ký nháy vào 2 hợp đồng giữa Công ty Comael và Công ty Hà Thành, còn Vũ Xuân Tăng (SN 1983, kỹ sư điện) ký nháy vào hợp đồng với Công ty An Khánh.
Theo chỉ đạo của Vũ Đức Nghị, phòng kế toán viết ủy nhiệm chi số tiền 213 triệu đồng chuyển cho Công ty An Khánh; 354,5 triệu đồng cho Công ty Hà Thành. Trừ chi phí 25%, số còn lại là 426 triệu đồng, Phạm Thị Nga có trách nhiệm rút toàn bộ số tiền này để chuyển lại cho Phan Thị Huệ.
Bị can Huệ khai nhận, giữa năm 2014, bị can Nga mắc bệnh nặng và chết nên bị can chưa nhận được số tiền trên.
Cuối năm 2013, Tổng công ty Coma đã lập đoàn kiểm tra tại Công ty Comael, Vũ Đức Nghị, Phan Thị Huệ và Vũ Xuân Tăng đã hợp thức thủ tục việc thanh quyết toán 3 hợp đồng trên. Tuy nhiên, sự việc được các cổ đông của Comael phát giác khi Cục Thuế Hà Nội có thông báo yêu cầu Công ty loại bỏ (không được hạch toán) một số lượng lớn hóa đơn giá trị gia tăng. Trong đó có các hóa đơn kể trên.
Căn cứ vào đơn tố giác của các cổ đông, qua điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an Hà Nội đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự.
Cơ quan tố tụng xác định, hành vi của các bị can phạm vào tội tham ô tài sản. Bị can Vũ Đức Nghị đã lợi dụng chức vụ, trực tiếp chỉ đạo cấp dưới lập hợp đồng khống rút 568 triệu đồng. Phan Thị Huệ trực tiếp mua hóa đơn, cung cấp các số liệu lập các hợp đồng khống. Vũ Xuân Tăng trực tiếp ký nháy vào các hợp đồng, tài liệu giúp bị can Nghị và Huệ rút tiền.
