Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã có kết luận thể hiện, những sai phạm xảy ra khi bán quyền thu phí tuyến cao tốc TP.HCM – Trung Lương có vai trò của ông Đinh La Thăng – cựu Bộ trưởng Bộ GTVT và ông Nguyễn Hồng Trường, cựu Thứ trưởng Bộ GTVT.
Với vai trò là Thứ trưởng Bộ GTVT và Chủ tịch Hội đồng bán đấu giá, ông Nguyễn Hồng Trường đã chủ trì, kết luận nhiều cuộc họp, ký các văn bản để chỉ đạo Tổng công ty Cửu Long (đại diện Bộ GTVT) và các đơn vị thuộc Bộ tham gia xây dựng đề án bán quyền thu phí tuyến đường cao tốc TP.HCM – Trung Lương
Ông Trường đã ký 3 văn bản gửi Bộ Tài chính xin ý kiến đóng góp, ký quyết định số 3051 ngày 3/10/2013 phê duyệt giá khởi điểm hơn 2.004 tỷ đồng để bán đấu giá quyền thu phí mà không thành lập Hội đồng xác định giá.
Ngày 5/11/2013, ông Trường ký văn bản 11903 thông báo Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An (các công ty của Đinh Ngọc Hệ) đủ điều kiện tham gia đấu giá khi không xin ý kiến của các ủy viên trong hội đồng. Thực tế hai doanh nghiệp này thua lỗ, không có năng lực tài chính.
Công ty Yên Khánh trúng đấu giá quyền thu phí bằng với giá khởi điểm.
Từ năm 2014, Tổng công ty Cửu Long nhiều lần báo cáo việc Công ty Yên Khánh không trả tiền mua quyền thu phí đúng quy định. Ông Trường ký nhiều văn bản và chủ trì cuộc họp nhưng chỉ yêu cầu Tổng công ty Cửu Long đôn đốc Công ty Yên Khánh nộp tiền.
Quá trình thu phí đường cao tốc, các bị can do Đinh Ngọc Hệ chỉ đạo đã can thiệp phần mềm của Bộ GT-VT để làm giảm doanh thu, nhằm chiếm đoạt số tiền 725 tỷ đồng.
Cơ quan CSĐT cho rằng ông Trường không chỉ đạo đình chỉ giao quyền thu phí, dừng hợp đồng trước thời hạn, gây thiệt hại cho tài sản Nhà nước. Hành vi trên đã cấu thành tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí với vai trò đồng phạm.
Tại cơ quan điều tra, ông Trường khai nhận đã báo cáo toàn bộ quá trình thực hiện để ông Đinh La Thăng biết do đây là tài sản đặc thù, có giá trị đặc biệt lớn. Tuy nhiên ông Thăng không có ý kiến chỉ đạo gì khác.
Ông Trường cũng nhận thức trách nhiệm khi để Công ty Yên Khánh trúng đấu giá và gian dối, chiếm đoạt số tiền thu phí. Mục đích vì muốn thực hiện nhanh, kịp thời bán quyền thu phí trong năm 2013 theo kế hoạch của Bộ GTVT. Ông Trường thừa nhận không có quan hệ với ai tại Công ty Yên Khánh, khi giải quyết công việc cũng không chịu áp lực từ ai.
Cơ quan CSĐT cho rằng ông Trường thành khẩn khai báo, quá trình công tác có nhiều Huân, huy chương, bằng khen, gia đình có công với cách mạnh nên đề nghị xem xét các tình tiết giảm nhẹ khi lượng khung hình phạt.