Vũ Huy Phong bị cáo buộc đã móc ngoặc với đại lý và nhân viên dưới quyền để chiếm đoạt hơn 17 tỷ đồng của Tập đoàn Trung Nguyên. Hai bị cáo khác Đặng Vũ Kiên (thủ kho) bị tuyên phạt 8 năm tù giam và Nguyễn Hồng Phong (trưởng phòng bán hàng) bị tuyên phạt 9 năm tù giam.
Theo kết quả điều tra, CTCP Tập đoàn Trung Nguyên có trụ sở chính đặt tại TP.HCM, chi nhánh Hà Nội được thành lập từ tháng 6/2006. Ngay sau khi thành lập, Công ty đã tuyển dụng và bổ nhiệm Vũ Huy Phong vào chức vụ Giám đốc chi nhánh Hà Nội.
Tập đoàn Trung Nguyên bán hàng qua 2 kênh: các nhà phân phối và các siêu thị. Với các nhà phân phối, Trung Nguyên yêu cầu phải trả tiền trước rồi xuất hàng sau. Với với các siêu thị, các cửa hàng có sức tiêu thụ lớn, Trung Nguyên cho phép lấy hàng trước và trả chậm trong vòng 45 - 60 ngày.
Quá trình làm việc tại chi nhánh Hà Nội, Vũ Huy Phong đã nhiều lần “lệnh” cho thủ kho Đặng Vũ Kiên xuất hàng cho nhà phân phối Hoàng Cúc và khất nợ phiếu xuất hàng. Cơ quan điều tra đã xác minh được 51 lệnh xuất hàng như vậy qua tin nhắn điện thoại di động của Vũ Huy Phong.
Để tránh bị phát hiện việc thất thoát hàng hóa, Vũ Huy Phong đã thống nhất với thủ kho không kiểm kê thực tế kho mà lấy lý do nhiều hàng không kiểm kê được và lấy số liệu từ bộ phận kế toán để làm báo cáo gửi về Công ty.
Khoảng giữa năm 2012, qua kiểm kê tại chi nhánh Tập đoàn Trung Nguyên tại Hà Nội, Trung Nguyên phát hiện thiếu hụt hàng hóa với giá trị hơn 51,8 tỷ đồng, nên đã có đơn gửi Công an Hà Nội tố cáo hành vi chiếm đoạt tài sản của một số cá nhân.
Nhận được đơn trình báo, cơ quan điều tra đã vào cuộc và làm rõ hành vi lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản của Vũ Huy Phong, hành vi đồng phạm của thủ kho Đặng Vũ Kiên và hành vi Lừa đảo chiếm đoạt tài sản của Nguyễn Hồng Phong, Trưởng phòng bán hành kênh siêu thị.
Cơ quan điều tra xác định cựu Giám đốc chi nhánh Hà Nội phải chịu trách nhiệm về số hàng hóa đã xuất theo 51 lệnh xuất hàng qua tin nhắn điện thoại di động, trị giá hơn 17 tỷ đồng.
Ngoài hành vi đồng phạm, giúp sức cho Vũ Huy Phong chiếm đoạt hơn 17 tỷ đồng, Đặng Vũ Kiên còn xuất số hàng trị giá hơn 20 tỷ đồng. Bị cáo không chứng minh được đã xuất hàng cho ai, kho hàng không bị mất trộm, do vậy bị cáo này phải chịu trách nhiệm về số hàng hóa bị chiếm đoạt là hơn 20 tỷ đồng.
Nguyễn Hồng Phong, Trưởng phòng bán hành kênh siêu thị thu tiền hàng nhưng không nộp về Công ty. Nguyễn Hồng Phong rà soát danh sách các siêu thị đang nhập hàng từ Trung Nguyên, thấy khách nào sắp hết hàng, Nguyễn Hồng Phong bảo các siêu thị này fax đơn đặt hàng đến Chi nhánh. Tiền mua hàng đã được trả đủ cho Phong, nhưng Phong không trả về Công ty, mà chiếm đoạt cá nhân. Chỉ khi Trung Nguyên đối chiếu công nợ với các đối tác thì mới phát hiện ra. Tổng số tiền Nguyễn Hồng Phong đã chiếm đoạt là 7 tỷ đồng.