Đầu năm 2019, Nguyễn Thị Kim Anh (SN 1975, cựu Phó phòng Phòng chống tham nhũng) đã làm quyết định thanh tra để gửi Chánh thanh tra Bộ Xây dựng duyệt ký, chỉ nêu chung chung về nội dung, phạm vi làm việc, không nêu rõ đối tượng thanh tra. Đoàn thanh tra gồm 4 người yêu cầu các xã, thị trấn, huyện Vĩnh Tường (tỉnh Vĩnh Phúc) cung cấp hồ sơ dự án.
Theo kết luận thanh tra, Kim Anh đã gặp, bàn việc riêng với từng người là Đặng Hải Anh (chuyên viên phòng Thanh tra xây dựng 2) và Nguyễn Thùy Linh (thành viên đoàn) để thống nhất việc thu tiền và ăn chia số tiền thu được của các đơn vị.
Khoảng giữa tháng 4/2019, sau buổi công bố quyết định thanh tra (ngày 10/4/2019) 2-3 ngày, Kim Anh gặp Hải Anh tại phòng làm việc để bàn bạc và thống nhất, với nhà thầu thi công thì buộc họ phải nộp theo tỷ lệ phần trăm số tiền trên giá trị hợp đồng và báo cáo lại. Kim Anh thống nhất không ấn định tỷ lệ phần trăm. Số tiền thu được, Hải Anh được chia tỷ lệ 1/3 và Kim Anh là 2/3.
Với các đơn vị do Nguyễn Thùy Linh kiểm tra, ban đầu Kim Anh không bàn bạc về tỷ lệ phần trăm số tiền thu và tỷ lệ ăn chia. Nếu Linh phát hiện lỗi vi phạm về điều kiện năng lực thì Kim Anh làm việc, yêu cầu nhà thầu tư vấn phải nộp 5%, nhà thầu thi công là 0,15% trên giá trị hợp đồng. Sau đó, tính toán chia cho Linh 1/3 số tiền thu được. Sau lần đầu tiên, Kim Anh nói cho Linh biết số tiền Linh sẽ được chia là 1/3 số tiền thu được, còn Kim Anh được hưởng 1/2, số còn lại chi phí cho đoàn.
Với các đơn vị do mình phụ trách, Kim Anh tự đặt ra mức thu và tỷ lệ chia là 1/2, một nửa còn lại để chi phí chung cho đoàn. Việc này Kim Anh tự làm, không thông báo cho các thành viên còn lại.
Những trường hợp không thương lượng được số tiền thì Hải Anh đưa lên gặp Kim Anh để quyết định và thu tiền. Các bị can cùng tham gia bóc phong bì, kiểm đếm tiền rồi chia chác. Số tiền nhận được, Kim Anh và em gái là Nguyễn Thị Kim Liên (cán bộ phòng Thanh tra xây dựng 3) đem gửi ngân hàng hoặc cất giấu trong tủ gỗ phòng làm việc.
Các bị can cũng xé nhỏ phong bì, cho vào bồn cầu trong nhà vệ sinh, xả nước tiêu hủy hoặc xé nhỏ bỏ vào thùng rác trong phòng làm việc.
Kết luận cũng cho thấy, các bị can lập các thư mục trên máy tính cá nhân để tổng hợp biên bản, số liệu, đơn vị nộp tiền. Khi đơn vị nào nộp xong, Kim Anh xóa gần hết các mã mục, công việc, số tiền cắt giảm, sau đó đưa cho Kim Liên đưa vào biên bản làm việc, in ra cho chủ đầu tư, nhà thầu ký với số tiền cắt giảm không nhiều, chủ yếu nhằm hợp thức việc kiểm tra.
Cơ quan điều tra xác định, trong thời gian ngắn từ cuối tháng 5 đến ngày 12/6/2019, các bị can đã thu tiền của nhiều cá nhân, đơn vị, dẫn đến bức xúc. Họ đã làm đơn tố cáo hành vi sai phạm cho cơ quan công an xử lý. Tổng cộng các bị can đã chiếm đoạt 2,1 tỷ đồng, gồm 1,3 tỷ đồng của 54 doanh nghiệp.
Cơ quan công an đã đề nghị truy tố ra pháp luật các bị can về hành vi Lạm dụng chức vụ, quyền hạn để chiếm đoạt tài sản.